Der sechzehnjährige Win Kirifuda erwacht im Stadtteil Shinjuku von Tokio ohne Erinnerung daran, wer er ist oder wie er dorthin gelangte. Die Stadt wird von einem beunruhigenden Phänomen heimgesucht, bei dem Menschen plötzlich spurlos verschwinden, und Win kämpft damit, sich an seine neue Realität anzupassen, da er sich von seinen Mitschülern an der neuen Highschool und seinem Teilzeitjob entfremdet fühlt. Sein trostloser Alltag besteht daraus, nachts mit seiner fröhlichen Freundin Niika und anderen in einem örtlichen Park Zeit zu verbringen. Diese fragile Existenz wird durch das Auftauchen einer mysteriösen Transferstudentin namens Krista auf den Kopf gestellt, die behauptet, alles über Win zu wissen und sich als seine Verlobte erklärt, obwohl ihre wahren Absichten unklar bleiben, während verdächtige Schatten hinter ihr lauern.

Die Geschichte von Duel Masters LOST ~Bokyaku no Taiyo~ stellt das dritte Kapitel der Duel Masters LOST-Saga dar und schließt an die Ereignisse von Crystal of Remembrance und Reaper of the Moonlight an. Nachdem Win eine neue Crystal Card erhält, kehren ihm allmählich Erinnerungsfragmente zurück. Er erinnert sich an das Bild eines Leuchtturms von einem Foto, das in seinem Zimmer hängt. Während sich die wahre Natur der rätselhaften Verschwinden klärt, wird offenbart, dass ein gefährliches Parallelreich namens Lost Field, eine Welt voller gefährlicher Kreaturen, sich ausdehnt und in die Realität eindringt. Win erfährt den Standort des Leuchtturms von dem Foto und beschließt, dorthin zu reisen, um nach Hinweisen auf seine verlorene Vergangenheit zu suchen, begleitet von seiner treuen Freundin Niika und einer neuen Verbündeten namens Wayumi Tsukumoya.

Die Serie vertieft die Erkundung des Lost Field, einer Grenzlinie, die die Menschenwelt von einer Dimension trennt, in der Kreaturen existieren. Win ist nicht allein auf seiner Suche, denn er konfrontiert den rätselhaften Abyssbell = Jashin Emperor, eine Kreatur, die die sich entfaltenden Ereignisse mit unbekannten Absichten beobachtet. Ein Rivale namens Prince Kaiser taucht ebenfalls auf, der sich als Phantom zusammen mit der Kreatur Bolshack Bacteras manifestiert, um Win zu einem Duell herauszufordern und hofft, seine Erinnerungen zu wecken. Die Handlung folgt Win auf seiner Reise zum Leuchtturm, wo er Antworten auf den Ursprung des Lost Field, die Wahrheit hinter Krista und die Bedeutung seiner eigenen vergessenen Identität sucht.