Yuusaku Matsumi konnte schon immer Stimmen hören, die niemand sonst wahrnimmt. Er hört, was Menschen sich selbst zuflüstern, das Murmeln der Tiere und das leise Rascheln der Pflanzen. Am quälendsten sind jedoch die Stimmen der Toten, die ihn ständig umgeben. Als Kind versuchte er, sie auszublenden, verschloss seine Ohren vor der Angst und Einsamkeit, die in jedem Klang steckte. Doch eines Tages hörte er weit in der Ferne etwas anderes, eine Stimme erfüllt von Traurigkeit, aber auch Wärme – die Stimme von jemandem, der die Geister sehen konnte, die er nur vage wahrnahm. Von diesem Moment an hörte er auf, seine Ohren zu verschließen, und begann, nach der Quelle dieser Stimme zu suchen.

Fast zehn Jahre später, nun ein Oberschüler, findet Yuusaku sie endlich. Yukari Tokino ist ein Mädchen, das die Verstorbenen sehen kann. Als sie sieben Jahre alt war, erkrankte sie schwer und wäre fast gestorben. Als sie die Augen öffnete, fand sie sich in einer verwandelten Welt wieder, bevölkert von Geistern und Wesen aller Art, manche wütend, manche verloren, alle verweilend mit unerledigten Angelegenheiten. Während Yuusaku ihre Stimmen hört, sieht Yukari ihre Gestalten. Ihre Fähigkeiten ergänzen sich perfekt und ermöglichen ihnen, das gesamte Bild des Leidens eines Geistes zu erfassen.

Die Geschichte folgt Yukari und Yuusaku, während sie einem endlosen Strom des Übernatürlichen begegnen. Sie treffen auf Geister, die selbst nach dem Tod verletzt sind, auf Wesen, die ihre Lieben nicht loslassen können, und auf verweilende Seelen mit Bedauern, die sie an die Welt der Lebenden binden. Manche der Toten sind bösartig und versuchen zu erschrecken oder zu schaden, andere sind schwach und verzweifelt auf der Suche nach jeglicher Hilfe. Durch jede Begegnung lernen die beiden Jugendlichen Angst, Traurigkeit und Mitgefühl und wachsen als Menschen, indem sie sich dem Schmerz derjenigen stellen, die bereits hinübergegangen sind. Ihre eigene Verbindung vertieft sich ebenfalls, aufgebaut auf dem gegenseitigen Verständnis dessen, was es bedeutet, mit einem Fuß in der Welt der Lebenden und einem Fuß unter den Toten zu leben.

Die Erzählung entfaltet sich durch eine Reihe episodischer Begegnungen, die sich jeweils auf einen bestimmten Geist oder ein übernatürliches Phänomen konzentrieren. Yukari bleibt trotz des ständigen Schreckens und der Trauer, die mit dem Sehen der Toten einhergeht, entschlossen, ihnen zu helfen, während Yuusaku sie unterstützt, indem er die Stimmen hört, die sie nicht hören kann, und die Wahrheiten entschlüsselt, die die Toten nicht direkt zeigen können. Gemeinsam arbeiten sie daran, die verbleibenden Bedauern der Geister, denen sie begegnen, zu lösen, sie in Richtung Frieden zu führen und dabei die alltäglichen Herausforderungen des Oberschullebens und ihre eigenen komplizierten Gefühle füreinander zu bewältigen. Die Serie ist als Fortsetzung innerhalb eines größeren Werks strukturiert, folgt auf das Original Shi to Kanojo to Boku und geht einer weiteren Fortsetzung, Shi to Kanojo to Boku Meguru, voraus.