Die Erzählung von Touhou Chireikiden: Hansoku Tantei Satori Meikyū-hen, auch bekannt als das Labyrinth-Arc, folgt den Nachwirkungen einer massiven Flucht rachsüchtiger Geister aus dem Palast der Erdgeister im Ehemaligen Höllenreich. Dieser Vorfall bedroht direkt das empfindliche Gleichgewicht von Gensokyo, da diese Geister die Körper verschiedener Youkai und Menschen besetzen, ihre Lebenskraft aussaugen und sie in einen komatösen Zustand versetzen. Die Protagonistin ist Satori Komeiji, die Herrin des Palasts der Erdgeister und ein Satori-Youkai, das mit ihrem dritten Auge Gedanken lesen kann. Ihre einzigartige Fähigkeit macht sie zur idealen Detektivin, um den Täter aufzudecken, der sich unter den Unschuldigen versteckt, obwohl sie zögert, ihr Zuhause zu verlassen. Sie wird von ihrem treuen tierischen Begleiter Rin Kaenbyou begleitet, einem Nekomata, der als ihre Assistentin dient. Der Hauptantagonist ist ein namenloser und mächtiger rachsüchtiger Geist, von dem später angedeutet wird, dass er eine eigenständige Entität neben Mizuchi Miyadeguchi ist, die versucht, unentdeckt zu bleiben und weitreichendes Chaos zu verursachen.

Die Geschichte spielt an verschiedenen ikonischen Orten in Gensokyo, beginnend in der Scarlet Devil Mansion, bevor sie ins Totenreich, zu Eientei, zum Moriya-Schrein, zum Myouren-Tempel und schließlich tief unter die Erde führt. Anders als im typischen Fall-der-Woche-Format entwickelt sich die Handlung schnell zu einem fortlaufenden Thriller. Der erste Fall, der einen Angriff auf Patchouli Knowledge betrifft, wird von Satori gelöst, doch der wahre Täter entkommt und enthüllt eine größere Verschwörung. Während Satori und Rin ermitteln, springt der rachsüchtige Geist zwischen Körpern, belastet unschuldige Charaktere wie Mizuchi Miyadeguchi und hinterlässt eine Spur von Opfern, darunter Yoshika Miyako und Satori selbst. Der Fokus der Erzählung verlagert sich auf Reimu Hakurei, die Schreinjungfer des Hakurei-Schreins, die zur Hauptkraft wird, die dem Geist direkt gegenübersteht. Das Arc ist bekannt für seine hochriskanten Actionszenen, die die traditionellen Spell-Card-Regeln brechen, da Charaktere wie Kanako Yasaka zu tödlicher Gewalt greifen, um ihre Schreine zu schützen. Eine bedeutende Nebenhandlung umfasst einen komplexen Plan, der von Yukari Yakumo und Satori ausgeheckt wird, um den Geist in eine Falle zu locken, einschließlich der Rekrutierung von Flandre Scarlet, um den Myouren-Tempel zu belagern und das gesamte Gebäude ins Ehemalige Höllenreich zu transportieren. Dieses Arc endet damit, dass der rachsüchtige Geist vorübergehend zur Shining Needle Castle entkommt und den Weg für weitere Konfrontationen ebnet.