Wenn weitverbreitete übernatürliche Vorfälle mit Youkai in Gensokyo auftreten, löst die Schreinjungfrau Reimu Hakurei die Situation typischerweise durch direkte Konfrontation mit dem Verantwortlichen. Fälle, die jedoch bestimmte Personen ins Visier nehmen und verdeckte Identitäten beinhalten, sind oft zu heikel für solch direkte Methoden. Hier erweist sich Satori Komeiji, die Herrin des Palasts der Erdgeister, als unverzichtbar. Als Satori-Youkai besitzt Satori ein drittes Auge, das ihr die Fähigkeit verleiht, Gedanken zu lesen, wodurch sie jeden Täter aufdecken kann, unabhängig von den Lügen, die er erzählen mag. Trotz ihrer außergewöhnlichen Eignung als Detektivin möchte sie nicht immer ihr Anwesen verlassen.

Die Geschichte folgt Satori und ihrer Assistentin und Ermittlerin Rin Kaenbyou, während sie daran arbeiten, Rätsel in ganz Gensokyo zu lösen. Der erste größere Fall betrifft einen Angriff auf Patchouli Knowledge, die Youkai-Zauberin, die in der Scarlet Devil Mansion lebt. Patchouli wird nicht getötet, verbleibt jedoch in einem komatösen Zustand. Rin befragt die Bewohner der Scarlet Devil Mansion und andere Personen, die ein Motiv haben könnten, einschließlich Reimu Hakurei selbst. Der Fall weitet sich aus, als weitere Opfer auftauchen. Die Erzählung schreitet grob in der Reihenfolge der Touhou Project-Spiele fort und bezieht Begegnungen mit vielen Charakteren der Serie ein.

Der Schauplatz erstreckt sich über Gensokyo, das Fantasiereich, in dem Menschen und Youkai koexistieren, wobei bedeutende Ereignisse an Orten wie der Scarlet Devil Mansion und dem Hakurei-Schrein stattfinden. Ein späterer Handlungsbogen handelt von rachsüchtigen Geistern, die Gensokyo überzogen hatten und schließlich am Hakurei-Schrein besänftigt und verwaltet werden. Konflikte entstehen zwischen denen, die die rachsüchtigen Geister in die Unterwelt zurückbringen wollen, denen, die ihnen helfen möchten, Frieden zu finden, und denen, die sie für eigene Zwecke nutzen wollen, was zu weiteren Problemen führt. Die Serie erlebte eine Pause nach der Veröffentlichung im Februar 2021 aufgrund gesundheitlicher Bedenken der ursprünglichen Zeichnerin Ginmokusei und wurde im Oktober 2021 mit Yuu Akimaki als neuer Zeichnerin fortgesetzt. Eine verwandte Manga-Adaption mit dem Titel Samsara Edition startete im Oktober 2025.