Die Geschichte spielt im 18. Jahrhundert, zweihundertfünfzig Jahre vor der ursprünglichen Saint Seiya-Serie, während des vorherigen Heiligen Krieges zwischen Athena und Hades. Dieser Konflikt dreht sich um drei Kindheitsfreunde, deren miteinander verflochtene Schicksale die Erzählung vorantreiben. Tenma, ein aggressiver, aber aufrechter Waise, verlässt sein Zuhause in Italien, um im Heiligtum in Griechenland zu trainieren, und wird schließlich zum Pegasus-Heiligen. Dort trifft er wieder auf Sasha, die Schwester seines Freundes, die sich als Reinkarnation der Göttin Athena entpuppt. Das dritte Mitglied ihrer Gruppe ist Alone, ein sanfter und gutherziger Junge, der gerne malt. Seine reine Seele macht ihn jedoch zum idealen Gefäß für den Gott der Unterwelt, Hades. Der zentrale Konflikt entsteht, als Alone, manipuliert von der mysteriösen Pandora, seine Rolle als Hades annimmt und entscheidet, dass der Tod die einzig wahre Erlösung für die Menschheit sei, was Tenma und Sasha zwingt, sich ihrem geliebten Freund in einem Krieg zu widersetzen, der über das Schicksal der Welt entscheiden wird.

Nach dem Abschluss dieser Hauptsaga wurde eine Sammlung von Nebengeschichten mit dem Titel Saint Seiya: The Lost Canvas – Meiō Shinwa Bangaihen, auch bekannt als Anekdoten, veröffentlicht, um das Universum weiter zu erkunden. Diese Erzählungen konzentrieren sich hauptsächlich auf die zwölf Goldheiligen, die mächtigsten Krieger Athenas, und tauchen in ihr Leben vor, während und nach den Ereignissen des Heiligen Krieges ein. Die Serie ist eine Anthologie, in der jeder Handlungsbogen sich auf einen bestimmten Goldheiligen konzentriert und Hintergrundinformationen zu ihrem Training, ihren persönlichen Kämpfen und ihren individuellen Missionen liefert.

Die erste dieser Geschichten folgt Albafica von Pisces und erforscht seine Herkunft als Waise, der von seinem Vorgänger aufgezogen und ausgebildet wurde. Sie behandelt den Fluch der Pisces-Cloth, deren Rosen tödliches Gift besitzen, und seinen inneren Konflikt, ob er sein Schicksal annehmen oder ein Heilmittel für sein vergiftetes Blut suchen soll. Ein anderer Bogen handelt von Kardia von Scorpio, der, ohne zu wissen, dass sie Athena ist, die junge Göttin Sasha auf eine Reise nach Mexiko mitnimmt. Dort treffen sie auf die Jaguare, indigene Krieger, die mystische Rüstungen namens Nahuals verwenden, was Kardia zwingt, Sasha vor diesen neuen Feinden zu schützen, während er sich gleichzeitig seiner eigenen tödlichen Herzkrankheit stellt. Eine andere Geschichte folgt Degel von Aquarius, der einen mysteriösen Brief von seinem lange verschollenen Meister Krest erhält, einem Goldheiligen, der seit über fünfhundert Jahren lebt. Dies führt Degel zu einem Herrenhaus in Frankreich, wo eine Frau mit einer bezaubernden Stimme Männer versklavt hat, und er muss die Wahrheit über das Verschwinden seines Meisters aufdecken. Weitere Bögen handeln von Manigoldo von Cancer, der sich mit Albafica zusammenschließt, um in Venedig eine kriminelle Organisation von Schwarzen Heiligen zu bekämpfen, und erkunden die Vergangenheit anderer Goldheiliger wie Sagittarius Sisyphe und Virgo Asmita. Durch diese eigenständigen Abenteuer, die oft mythologische Elemente jenseits des Hauptkonflikts mit Hades beinhalten, bereichert die Gaiden-Serie die Charakterisierungen der Goldheiligen, zeigt ihre Freundschaften, ihren Alltag im Heiligtum und die persönlichen Kämpfe, die sie vor dem endgültigen Krieg gegen Hades ausfochten.