Vor vier Jahren zerstörte eine schreckliche Tragödie sein Leben. Seit diesem Tag hat ein Teenager namens Sunny sein Haus nicht mehr verlassen und ist zu einem vollständigen Einsiedler geworden, der in der abgeschotteten Blase seines Zuhauses in der kleinen, scheinbar ruhigen Stadt Faraway lebt. In der Hoffnung, ihrem Sohn einen Neuanfang zu ermöglichen, beschließt Sunnys Mutter, dass die Familie wegziehen wird. Nur drei Tage vor dem Umzug klopft es an der Tür. Es ist sein Kindheitsfreund Kel, der nach Jahren des Schweigens gekommen ist, um wieder Kontakt aufzunehmen.

Widerwillig tritt Sunny zum ersten Mal vor die Tür und wird zurück in eine Welt gestoßen, die er nicht mehr wiedererkennt. Seine Freunde haben sich alle verändert. Die einst sanftmütige Aubrey ist zu einer verbitterten, rosa-haarigen Kriminellen geworden, während der sanfte und fotoliebende Basil jetzt von einer lähmenden Angst verzehrt wird. Das Wiedersehen der Gruppe verläuft nicht gut und weckt eine dunkle und schmerzhafte Vergangenheit wieder, die Sunny verzweifelt zu vergessen versucht hat. Während Sunny mit dem stets optimistischen Kel durch die Stadt streift, beginnt er, die Fäden einer komplizierten Geschichte zu entwirren, die ihren verstorbenen Freund Hero und die anhaltende, tiefgreifende Abwesenheit seiner geliebten älteren Schwester Mari betrifft.

Als der Schmerz der realen Welt überwältigend wird, fällt Sunny in Bewusstlosigkeit und zieht sich an einen Ort namens White Space zurück. Dies ist ein kahler, leerer Raum, der als Tor zu einer lebendigen, surrealen Traumwelt dient. In diesem Reich wird Sunny durch sein stilles, emotionsloses Alter Ego ersetzt: Omori. Hier sind vier Jahre nicht vergangen. Die Welt ist ein buntes, skurriles RPG-ähnliches Abenteuerland, in dem alle seine Freunde noch jung, glücklich und zusammen sind. Kel ist energiegeladen, Aubrey ist freundlich, Basil ist fröhlich und Hero ist zuverlässig – alle werden von der warmen und sanften Präsenz Maris überwacht, die sehr lebendig ist. In diesem Headspace begeben sich Omori und seine Freunde auf Quests, bekämpfen alberne Feinde und essen unendliche Picknicks, was eine perfekte Flucht vor der Schuld darstellt, die seine Realität plagt.

Der Frieden von Headspace beginnt zu bröckeln, als Omori und seine Freunde nach Basil suchen, der auf mysteriöse Weise verschwunden ist. Ihre Reise, ihn zu finden, führt sie durch zunehmend bizarre und beunruhigende Umgebungen. Je tiefer sie vordringen, desto mehr bricht die fröhliche Fassade der Traumwelt zusammen und enthüllt dunklere, korrupte Räume, die von monströsen Kreaturen und beunruhigenden Wahrheiten bevölkert sind. In der realen Welt wird Sunny unterdessen gezwungen, sich im Laufe von drei Tagen den zerrütteten Beziehungen zu seinen alten Freunden zu stellen. Die Gruppe muss nach und nach zusammensetzen, was wirklich an dem Tag des Vorspiels vor vier Jahren geschah, einem Ereignis, das zu Maris Tod führte und ihre Freundschaft auseinanderriss.

Die Erzählung bewegt sich auf die unvermeidliche Kollision dieser beiden Realitäten zu. Je näher Sunny der Wahrheit des Vorfalls kommt – der eine Treppe, eine zerbrochene Geige und eine Vertuschung beinhaltet – desto mehr beginnt die Traumwelt auseinanderzufallen. Omori, der speziell existiert, um dieses Trauma zu unterdrücken, wird feindselig. Die Geschichte führt zu einer finalen, klimaktischen Konfrontation in Sunnys Geist, in der Omori versucht, ihn dazu zu zwingen, der Verzweiflung und dem Vergessen zu erliegen. Letztendlich muss Sunny sich der schrecklichen Erinnerung stellen, die er vor sich selbst verborgen hat, und entscheiden, ob er sich selbst vergeben kann für das, was er getan hat, um für die Chance zu kämpfen, in der realen Welt zu leben und endlich die Wahrheit den Freunden zu gestehen, die er zurückgelassen hat.