Silent Hill: Cage of Cradle ist ein Prequel zum ersten Silent Hill-Spiel und spielt in der nebelverhangenen Stadt kurz vor den Ereignissen der ursprünglichen Geschichte. Die Erzählung dreht sich um Matthew, einen jungen Mann, der kürzlich nach Silent Hill gekommen ist, um seine Freundin, die Krankenschwester Lisa Garland, aus den Fängen des finsteren Kults der Stadt zu retten. Lisa arbeitet im Alchemilla-Krankenhaus, wo sie sich um Alessa Gillespie kümmert, ein schwer verbranntes Mädchen, dessen immense psychische Traumata die Realität um sie herum zu verzerren beginnen. Als Cheryl, Alessas getrennte Hälfte, sich der Stadt nähert, verstärken sich Alessas Kräfte, sodass die Albtraumwelt, bekannt als die Andere Welt, in die wache Stadt übergeht.

Matthew wird in die Andere Welt gezogen, ein Reich aus Rost, Blut und grotesken Manifestationen menschlicher Schuld und Leidens. Dort trifft er auf Valtiel, eine mysteriöse und monströse Gestalt, während dessen Geburt. Matthew wird von Valtiel getötet, und kurz darauf stirbt auch Lisa. Lisas Geist wird in der Anderen Welt gefangen, ohne Erinnerung an ihren Tod, was die Bühne für ihre spätere Begegnung mit Harry Mason in den Eröffnungsszenen des ersten Silent Hill-Spiels bereitet. Der Manga endet im selben Moment, in dem das Originalspiel beginnt, mit der Stadt, die von Nebel und Dunkelheit verschlungen wird. Durch diese kompakte Erzählung erkundet die Geschichte die unglückliche Beziehung zwischen Matthew und Lisa, die Krankenpfleger-Patienten-Bindung zwischen Lisa und Alessa sowie die tragischen Konsequenzen der Manipulation von Alessas Macht durch den Kult.