Seit er seinen geliebten Sohn Ronny verloren hat, verbringt Brian Dawson seine Tage in emotionaler und spiritueller Apathie. Ein Mann Anfang vierzig aus Augusta, Maine, war er einst warmherzig, pflichtbewusst und wohltätig, doch der Verlust hat ihn seinen Job und seine Ehe gekostet und ihn treiben lassen. Er wird von wiederkehrenden Albträumen heimgesucht, in denen eine mysteriöse Frau erscheint.

Eines Tages trifft Brian Lindsay Crystal, eine College-Studentin mit Hauptfach Folklore, die nach Augusta gekommen ist, um Silent Hill zu erforschen, eine Stadt, von der sie gehört hat, dass sie ein Ort sei, an dem die Toten zurückkehren. Lindsay ist aufrichtig und reif, mit einer stillen Helligkeit, die von einer tiefen Traurigkeit überschattet wird. Sie sieht genauso aus wie die Frau aus Brians Albträumen. Fasziniert und von einer unerklärlichen Anziehungskraft getrieben, willigt Brian ein, sie nach Silent Hill zu begleiten. Unbekannt für ihn stammt sein verstorbener Vater ursprünglich aus dieser Stadt, eine Tatsache, die sich im Verlauf der Reise als bedeutsam erweisen wird.

Vor der nebelverhangenen, verfallenden Landschaft von Silent Hill angesiedelt, folgt die Geschichte Brian und Lindsay, während sie sich dem übernatürlichen Einfluss der Stadt stellen, der ihre innere Schuld, Trauer und verborgenen Verbindungen manifestiert. Brians ungelöster Kummer über den Tod seines Sohnes und die mysteriöse Verbindung zwischen Lindsay und seinen Träumen werden zum Kern der Erzählung. Der Manga erforscht Themen wie Verlust, Versuchung und die Grenze zwischen den Lebenden und den Toten, gipfelnd in einer Reise, die Brian zwingt, sich der Wahrheit über seine Vergangenheit und der Natur der Frau, die ihn dorthin führte, zu stellen.