In der gesetzlosen thailändischen Stadt Roanapur betreibt eine vorlaute, scharfzüngige Nonne namens Sister Eda Waffen- und Informationsgeschäfte aus der sogenannten Gewaltkirche. Doch bevor sie sich diesen Ruf in der kriminellen Unterwelt erwarb, war sie eine CIA-Anfängerin, die ihre ersten Schritte in die schattenhafte Welt der Spionage machte. Black Lagoon Eda Initial Stage ist ein Prequel-Spin-off, das das Geheimnis um Edas Vergangenheit lüftet und ihre frühen Feldeinsätze als frischgebackene Geheimdienstoffizierin verfolgt. Die Geschichte begleitet Eda von ihrem allerersten Auslandseinsatz, bei dem ein Job in einer Unterwelt voller Intrigen und Machtspiele schiefgeht und sie schnell zurückgeschickt wird. Entschlossen, sich zu rehabilitieren, übernimmt sie inländische Missionen, bevor sie auf den Balkan entsandt wird, eine instabile Region, die noch unter den Folgen des Bosnienkriegs leidet. Dort verstrickt sie sich in größere Konflikte, die einen bitteren Eindruck in ihrer Psyche hinterlassen. Spätere Handlungsbögen führen sie in ein südamerikanisches Land, wo die CIA daran arbeitet, eine anti-amerikanische Regierung zu destabilisieren, was Eda zwingt, Kontakt zu Rebellenkräften aufzunehmen, nur um in einen plötzlichen Militärangriff verwickelt zu werden, der zu einer verzweifelten Flucht wird. Eine weitere große Handlung dreht sich um die Jagd nach Stinger-Raketen aus dem Afghanistan-Konflikt, die an Terroristen durchgesickert sind, was Eda nach London und dann in eine gefährliche verdeckte Infiltration in New York führt. Sie übernimmt auch eine Mission auf Zypern, um einen Waffenhändler zu bergen, wird jedoch von einem Mann gejagt, der eine persönliche Vendetta gegen ihn hegt. Während dieser Einsätze beleuchtet die Serie die Schlüsselfiguren in Edas früher Karriere, darunter ihre Führungsoffiziere und Kollegen wie eine Partnerin namens Amber, und erforscht ihre Verwandlung von einer grünen Agentin, die noch das Handbuch liest, zu der zynischen, abzugsfreudigen Operativen, die später ein Zuhause in Roanapur finden würde. Der Schauplatz wechselt durch reale geopolitische Brennpunkte und kriminelle Zentren und verankert die Spionageaktion in der düsteren, moralisch mehrdeutigen Atmosphäre, die das Black-Lagoon-Universum definiert. Die Erzählung betont die brutale Ausbildung, die Eda in den Kosten der Geheimdienstarbeit erhält, und die ständige Präsenz von Verrat und Gewalt, und zeigt letztlich, wie sich die junge Frau, die in die Agentur eintrat, zu der abgehärteten Überlebenden entwickelte, die eines Tages eine Schrotflinte in einer Kirche schwingen würde.