Rio Mikazuki ist ein Shinobi, der in der modernen Welt lebt – ein Shinewbi, ein zeitgenössischer Ninja, der mit Hightech-Ninjawerkzeugen und digitalem Jutsu Verbrechen bekämpft und die Nacht beschützt. Ihr Partner und Vorgesetzter, Hajime Igarashi, gehört zur aussterbenden Sorte von Alt-Ninjas, die unter harten traditionellen Methoden ausgebildet wurden und echtes Ninjutsu beherrschen. Trotz seiner beeindruckenden Fähigkeiten weigert sich Igarashi standhaft, Rio seine wahren Ninja-Techniken zu zeigen, und hinter dieser Weigerung verbirgt sich ein peinliches Geheimnis. Die beiden meistern ihre Pflichten als moderne Ninjas, während sich zwischen ihnen eine lockere romantische Spannung aufbaut, verstärkt durch Rios heimlichen Schwarm für Igarashi und eine Reihe von Missverständnissen mit ihrer Kollegin Momo Shiranui. Ein zentraler Handlungsbogen führt sie in Igarashis angestammtes Ninja-Dorf, wo Rio unerwartet an einer Brautprüfung teilnimmt, die ihre Fähigkeiten und Entschlossenheit auf die Probe stellt. Die Geschichte balanciert episodische Missionen mit der langsamen Entwicklung ihrer Beziehung aus, erkundet den Konflikt zwischen Hightech- und traditionellen Ninja-Wegen sowie Rios Entwicklung von einem Neuling zu einer fähigeren Shinewbi.