In Tsurebito gibt es weder Engel noch Todesgötter. Stattdessen existieren die Seelen der Verstorbenen in einer Zwischenwelt namens Hazama, einem Schwellenraum, in dem Leben und Tod kaum aufeinandertreffen. Diejenigen, die sterben, aber aufgrund anhaltender Bindungen nicht durch das Tor ins Jenseits gelangen können, erhalten eine Wahl: Werde ein Tsurebito, ein Führer, der andere umherirrende Seelen zum Tor führt. Dies ist der einzige Weg für sie, im Hazama zu bleiben, anstatt vollständig zu verschwinden. Wenn ein Tsurebito jedoch innerhalb einer bestimmten Frist niemanden zum Tor führt, verlieren sie ihr Herz und verfallen zu einem Bakebito, einer hohlen, treibenden Existenz, die nichts mehr hat.

Die Geschichte beginnt mit Mako, einem Teenager-Mädchen, das plötzlich bei einem Verkehrsunfall stirbt. Sie war gerade erst mit ihrem Kindheitsfreund und langjährigen Schwarm Hayato ein Paar geworden. Unfähig zu akzeptieren, ihn zurückzulassen, entscheidet sich Mako, ein Tsurebito zu werden, damit sie in der Nähe der Welt der Lebenden bleiben und über ihn wachen kann. Sie wird unter die Fittiche von Aya Ookumo genommen, einer erfahrenen und rätselhaften Meister-Tsurebito, die seit langer Zeit Seelen führt. Gemeinsam navigieren sie durch das Hazama und begegnen einer Vielzahl verlorener Seelen, jede belastet von ihren eigenen Bedauern und ungelösten Emotionen.

Während Mako diese Geister zu ihren persönlichen Toren führt, wird ihre eigene Bindung zu Hayato stärker. Aber je heftiger sie sich an die Welt der Lebenden klammert, desto mehr wird ihr Körper von Kuro, der Farbe des Todes, befleckt. Ihre Präsenz in der Welt der Lebenden beginnt zu verblassen, und die Grenze zwischen ihrem Status als weder vollständig lebendig noch vollständig tot wird schmerzhaft. Die Geschichte entfaltet sich in mehreren miteinander verbundenen Handlungsbögen, die die Schicksale der Geister, denen Mako hilft, und das langsame, bittersüße Zerfallen ihrer Beziehung zu Hayato miteinander verweben. Weitere Charaktere sind Hayato selbst, der mit Trauer und dem seltsamen Gefühl kämpft, dass Mako noch in der Nähe ist; Shuichi Sendou, ein Mitsurebito mit eigenen Motiven; und eine Reihe vorübergehender Seelen, deren Geschichten verschiedene Gesichter von Liebe, Verlust und der Angst, vergessen zu werden, widerspiegeln.

Die Erzählung balanciert übernatürlichen Horror mit stillen, emotionalen Momenten und erforscht, was es bedeutet, festzuhalten und was es braucht, um loszulassen. Durch Makos Reise hinterfragt der Manga die Natur des Todes, das Gewicht der Erinnerung und die Möglichkeit, Frieden zu finden, selbst wenn man zwischen zwei Welten gefangen ist.