Die Shinobi World Corporation ist ein japanischer Handelskonzern, der in den Bereichen Lebensmittel, Energie, Chemie und Logistik tätig ist und in Japan ein Begriff ist. Hinter den Glastürmen und gepflegten Anzügen verbirgt sich jedoch der älteste noch bestehende Geheimdienst des Landes: eine Ninja-Organisation, die Japan seit Jahrhunderten aus dem Schatten heraus beschützt. Die Angestellten des Unternehmens sind ausgebildete Operative, die alles von Unternehmensverhandlungen bis hin zu Attentaten erledigen, während sie nach außen hin das Bild gewöhnlicher Angestellter wahren.

Die Geschichte dreht sich um Hattori Shozo, den silberhaarigen Leiter der Verkaufsabteilung. Für seine Kollegen und Kunden ist er ein tollpatschiger, mittelmäßiger Verkäufer, dessen Präsentationen peinlich schlecht sind und dessen Verkaufsbilanz unauffällig ist. In Wahrheit ist er der oberste Ninja des Unternehmens, ein Meister des Kampfes und der Spionage, der seinen Rang in nur fünf Jahren erreicht hat. Als ein neuer Rekrut, Sasaki Kotaro, in die Abteilung kommt, ist dieser heimlich ein Regierungsspion, der vom Chefkabinettssekretär entsandt wurde, um die verdächtigen Aktivitäten der Shinobi World zu untersuchen. Sasaki wird bald Zeuge, wie Hattori im Büroflur eigenhändig eine Gruppe chinesischer Eindringlinge niedermetzelt, was die wahre Natur des Unternehmens offenbart. Die Regierung erklärt sich schließlich bereit, wegzusehen, und Sasaki wird zu einem widerwilligen Insider.

Die Erzählung folgt dem Alltag der Ninja-Angestellten: Geschäftstreffen, die als Tarnung für verdeckte Operationen dienen, Feierabendrunden, in denen Kollegen über Realpolitik und persönliche Traumata diskutieren, und die ständige Bedrohung durch ausländische Agenten. Hattoris Vergangenheit ist mit dem Mord an seiner Mutter durch den KGB verbunden, der ihn dazu trieb, im Alter von sechs Jahren mit dem Ninja-Training zu beginnen. Im Verlauf der Serie sieht sich das Unternehmen einer doppelten Krise gegenüber: Seine Unternehmensstruktur ist starr und veraltet geworden, und Russlands wachsender Einfluss in Ostasien bringt Japan in Gefahr. Schlimmer noch, Hattoris Vater, der Firmenpräsident Hattori Hanzo, verschwindet unter mysteriösen Umständen. Gezwungen, Verantwortung zu übernehmen, muss Hattori interne Machtkämpfe und externe militärische Bedrohungen meistern, während er versucht, die Organisation von innen heraus zu reformieren. Die Geschichte gipfelt in einer Konfrontation mit den Kräften, die Shinobi World zerstören wollen – sowohl von rivalisierenden Nationen als auch aus dem eigenen Vorstand – und endet damit, dass Hattori über die Zukunft der jahrhundertealten Institution entscheidet.