"Bodacious Space Pirates The Movie: Abyss of Hyperspace" spielt in einer futuristischen Welt, in der die junge Marika Kato als Kapitänin des Raumschiffs Bentenmaru agiert. Der Film beginnt mit der Entdeckung eines mysteriösen Schiffswracks im Hyperraum, das eine Verbindung zu Marikas verstorbenem Vater, Gonzaemon Kato, aufweist. Das Wrack birgt ein altes Artefakt, das eine potenziell gefährliche Technologie enthält. Marika und ihre Crew werden von der Regierung beauftragt, das Artefakt zu bergen und zu sichern, um zu verhindern, dass es in die falschen Hände gerät.

Während der Mission stoßen Marika und ihre Crew auf eine rivalisierende Gruppe von Piraten, die ebenfalls an dem Artefakt interessiert sind. Diese Gruppe wird von einem mysteriösen Anführer geleitet, der eine persönliche Verbindung zu Marikas Vergangenheit zu haben scheint. Die Handlung vertieft sich in die Beziehung zwischen Marika und ihrem Vater, während sie versucht, die Geheimnisse des Artefakts zu entschlüsseln und gleichzeitig ihre Crew vor den Bedrohungen des Hyperraums zu schützen.

Die Charaktere, darunter Marikas vertraute Crewmitglieder wie Chiaki Kurihara, Misa Grandwood und Kane McDougal, spielen eine zentrale Rolle bei der Bewältigung der Herausforderungen. Der Film kombiniert Elemente von Weltraumabenteuer, Science-Fiction und persönlicher Entwicklung, während Marika ihre Führungsqualitäten unter Beweis stellt und sich mit den moralischen Dilemmata ihrer Rolle als Piratin auseinandersetzt. Die Handlung bleibt eng mit den etablierten Themen der Serie verbunden, bietet jedoch eine eigenständige Geschichte, die sowohl für Fans als auch für neue Zuschauer zugänglich ist.