"Gakuen Tokusō Hikaruon" ist eine OVA, die in einer futuristischen Welt spielt, in der Schüler an der Hikarugamine Academy spezielle Fähigkeiten besitzen, um Verbrechen zu bekämpfen. Die Handlung konzentriert sich auf Hikaruon, einen Schüler, der Mitglied der "Special Duty Unit" ist, einer Gruppe von Jugendlichen mit übernatürlichen Kräften. Diese Einheit wird beauftragt, mysteriöse Vorfälle und Bedrohungen innerhalb und außerhalb der Schule zu untersuchen.

Hikaruon verfügt über die Fähigkeit, Licht zu manipulieren, was ihn zu einem wertvollen Mitglied des Teams macht. Zusammen mit seinen Mitschülern, darunter die geschickte Nahkämpferin Akira und der technisch begabte Jun, setzt er sich gegen gefährliche Gegner zur Wehr. Die Gruppe stößt auf eine Reihe von Herausforderungen, darunter die Konfrontation mit einer geheimen Organisation, die dunkle Absichten verfolgt und die Sicherheit der Schule bedroht.

Im Verlauf der Geschichte werden die Hintergründe der Charaktere und ihre Motivationen beleuchtet, während sie sich mit persönlichen Konflikten und moralischen Dilemmata auseinandersetzen. Die OVA kombiniert Action, Science-Fiction und Schuldrama, wobei die Dynamik zwischen den Charakteren und ihre Entwicklung im Mittelpunkt stehen. Die Handlung bleibt eng auf die Missionen der Special Duty Unit fokussiert, wobei sich die Spannung durch die zunehmende Bedrohung durch die antagonistischen Kräfte steigert.