Nach ihrer Festnahme wegen rücksichtslosen Raumfahrts und der Zerstörung einer Polizeidrohne sehen sich die Supermenschliche Chiharu und ihre impulsive Cyborg-Kindheitsfreundin Makina zu gemeinnütziger Arbeit verurteilt. Aufgrund von Überbelegung der Gefängnisse werden sie zusammen mit vier anderen kürzlich inhaftierten Außenseitern eingeteilt: der stillen Motorradgang-Anführerin Akane und ihrer tollpatschigen Untergebenen Kanata, sowie den zynischen Söldnern Kurt und Max. Ihre Strafe besteht aus einer Woche Reinigungsarbeiten in der Milky Subway, einem alternden interplanetaren Zug, der zur Wartung abgestellt ist. Was eine einfache Bestrafung sein sollte, nimmt eine katastrophale Wendung, als ein Missverständnis mit der fehlerhaften KI des Zuges dazu führt, dass die alte Lokomotive plötzlich mit den sechs Sträflingen an Bord in den Tiefraum startet.

Die Geschichte entfaltet sich größtenteils in Rückblenden, während die Polizeibewährungshelferin Ryoko Chiharu zu dem Vorfall befragt, der dazu führte, dass Makina in einen zerlegten Zustand versetzt wurde. Während der Zug unkontrolliert durch die Galaxie rast, wechselt die Erzählung zwischen der eskalierenden Krise an Bord und den vorausgegangenen Ereignissen. Die Gruppe spaltet sich zunächst entlang bekannter Linien, doch die verzweifelte Lage zwingt sie zur Zusammenarbeit. Auf dem Versuch, den vorderen Wagen zu erreichen, um die Kontrolle wiederzuerlangen, liefern sie sich Gefechte mit funktionsgestörten Sicherheitsrobotern und navigieren durch das labyrinthische Innere des Zuges, wobei sie nach und nach seine geheimnisvolle und leicht unheilvolle Geschichte aufdecken.

Die Hauptcharaktere sind durch ihre kontrastierenden Hintergründe und Persönlichkeiten definiert. Chiharu ist fröhlich und unkompliziert, aber gefährlich passiv, eine Eigenschaft, die Makinas gewalttätiges Verhalten ermöglicht hat. Makina ist ein hitzköpfiger Vollkonversions-Cyborg, dessen Gesicht ein digitaler Bildschirm ist und die sich auf ein Arsenal eingebauter Waffen verlässt, um Probleme zu lösen. Ihre ungewöhnlichen Verbündeten sind Akane, eine stille aber leidenschaftlich beschützende Supermenschliche, und ihre aggressive aber körperlich unbeholfene Begleiterin Kanata. Abgerundet wird die Gruppe durch Kurt und Max, ein Cyborg-Duo, das überraschend kompetent ist, aber für jede Hilfeleistung Bezahlung verlangt. Die Serie spielt in einer retrofuturistischen Galaxie, in der die Ästhetik der 1980er Jahre mit fortschrittlicher Technologie verschmilzt und eine Welt aus interplanetaren Autobahnen und veralteten Zugsystemen erschafft.

Im Verlauf von zwölf kurzen Episoden folgt die Handlung dem chaotischen Versuch der Gruppe, den außer Kontrolle geratenen Zug zu stoppen. Zentrale Handlungsstränge konzentrieren sich auf das unerwartete Zusammenwachsen der Charaktere, wie etwa wenn eine Schlägerei zwischen Makina und Akane abrupt endet, als sie entdecken, dass sie beide eine Leidenschaft für denselben Pop-Idol teilen. Ein weiterer bedeutender Strang thematisiert die gesellschaftliche Vorurteile gegenüber Cyborgs, die durch die Hintergrundgeschichten von Kurt und Max offenbart werden, die stabile Jobs aufgrund von Diskriminierung aufgegeben haben. Während der Zug auf einen möglichen intergalaktischen Zwischenfall zusteuert, muss das zusammengewürfelte Team lernen, einander zu vertrauen, was zu einem Höhepunkt führt, der die impulsive Makina zwingt, den Konsequenzen ihrer Handlungen ins Auge zu sehen.