Im Jahr UC 0105 sind zwölf Jahre seit dem Konflikt vergangen, der als Char's Rebellion bekannt ist. Trotz der heldenhaften Bemühungen, die diesen Krieg beendeten, ist die Regierung der Erd-Föderation tiefer in Korruption und bürokratischen Verfall gesunken. Die Führung der Föderation beschleunigt aktiv die Umweltzerstörung der Erde, während sie gleichzeitig brutale Politikmaßnahmen wie „Man Hunting“ durchsetzt, die Zivilisten gewaltsam vom Planeten in überfüllte Raumkolonien deportieren.

In diese unterdrückerische Welt tritt Hathaway Noa, der Sohn des legendären Föderationskapitäns Bright Noa. Noch immer von den traumatischen Ereignissen von Char's Counterattack geplagt, einschließlich des Todes der verstörten jungen Frau Quess Paraya, hat Hathaway heimlich die Identität von Mafty Navue Erin angenommen, dem charismatischen Anführer einer Terrororganisation namens Mafty. Unter diesem Decknamen steuert er den fortschrittlichen Prototyp RX-105 Xi Gundam, um Attentate auf hochrangige Föderationsbeamte auszuführen, in der Überzeugung, dass nur bewaffneter Widerstand die korrupte Elite säubern und die komplexen Vermächtnisse von Amuro Ray und Char Aznable ehren kann.

Ihm gegenüber steht die Spezialeinheit Circe der Erd-Föderation unter dem Kommando des fähigen und pragmatischen Oberst Kenneth Sleg. Mit der Aufgabe betraut, Mafty zu jagen, steuert Kenneth seinen eigenen gefürchteten Mobile Suit, den RX-104FF Penelope, eine Maschine mit fortschrittlichen Flugfähigkeiten. Die Verfolgungsjagd zwischen Hathaway und Kenneth wird durch das Auftauchen von Gigi Andalucia weiter verkompliziert, einer mysteriösen und wohlhabenden jungen Frau mit einer unheimlichen Fähigkeit, Lügen zu durchschauen. Gigi verwickelt sich schnell mit beiden Männern und deutet an, dass sie Hathaways wahre Identität als Mafty bereits kennen könnte.

Die Handlung entfaltet sich, als Hathaway unter dem Deckmantel eines botanischen Forschers auf der Erde eintrifft. Nach einer dramatischen Begegnung mit Kenneth während einer Shuttle-Entführung entwickelt sich zwischen den beiden eine angespannte, fast freundschaftliche Rivalität, ohne dass sie ihre wahren Rollen voreinander kennen. Der zentrale Konflikt eskaliert, als Hathaway versucht, seinen Xi Gundam während eines Lufttransfers zurückzuholen, was zu einer direkten Konfrontation mit Kenneths Circe-Einheit und ihrem Ass-Piloten Lane Aim hoch über der Planetenatmosphäre führt.

Adaptiert von Yoshiyuki Tomino's Roman-Trilogie aus dem Jahr 1989, ist Hathaways Geschichte eine direkte Fortsetzung von Char's Counterattack und dient als Brücke zwischen den früheren Universal-Century-Konflikten und den späteren Ereignissen von Mobile Suit Gundam Unicorn. Während die Trilogie ursprünglich als Kinofilmreihe veröffentlicht wurde, wurde der erste Film später in ein Fernsehserienformat umgeschnitten, wobei seine 95-minütige Laufzeit in vier Sendefolgen aufgeteilt wurde. Das Werk ist bemerkenswert für seine erwachsenen Themen, die sich auf die zyklische Natur politischer Gewalt, die psychologische Last von vererbtem Trauma und die moralische Ambivalenz von Terrorismus als Widerstandsform konzentrieren. Der Film erhielt breite Anerkennung für seine hochwertige Animation und realistische mechanische Gestaltung, obwohl einige Kritiker seine dunklere visuelle Palette und dichte politische Handlungsführung anmerkten.