Das Jahr ist Universal Century 0105, zwölf Jahre nach der verheerenden Rebellion von Char. Die Erd-Föderation, die selbstgefällig und tyrannisch geworden ist, verhängt brutale Maßnahmen gegen Raumkolonisten und die eigenen Bürger der Erde. Als Reaktion darauf hat sich eine geheime Widerstandsbewegung namens Mafty gebildet, die gezielte Attentate auf korrupte Föderationsbeamte verübt, um eine bevorstehende Föderationskonferenz in Adelaide, Australien, zu stören. Der rätselhafte Anführer der Bewegung, bekannt unter dem Codenamen Mafty Navue Erin, ist in Wahrheit Hathaway Noa, der Sohn des legendären Föderationskapitäns Bright Noa, der die schwere Last seiner Handlungen während des letzten Konflikts der vorherigen Ära trägt.

Hathaway wird von Traumata aus dem Zweiten Neo-Zeon-Krieg verfolgt, insbesondere vom Tod der verstörten jungen Newtype Quess Paraya und seiner eigenen darauffolgenden Tat, Chan Agi, eine Geliebte seines Helden Amuro Ray, zu töten. Während er sich auf einen entscheidenden Luftangriff auf die Adelaide-Konferenz vorbereitet, fühlt er sich zunehmend zu einer mysteriösen und schönen jungen Frau namens Gigi Andalucia hingezogen. Gigi besitzt eine unheimliche, fast übernatürliche Intuition, die es ihr ermöglicht, Fassaden zu durchschauen und Ergebnisse vorherzusehen, und ihre rätselhaften Worte wecken Hathaways unterdrückte Erinnerungen und innere Konflikte.

Mafty gegenüber steht Kommandant Kenneth Sleg der Erd-Föderationsstreitkräfte, ein gerissener und pragmatischer Offizier, der damit beauftragt ist, den Widerstand zu beseitigen und die Adelaide-Konferenz abzusichern. Kenneth ist ein fähiger Erwachsener, der sich mit zynischer Leichtigkeit in der politischen und militärischen Landschaft bewegt, eine Geliebte namens Mace Flower unterhält und sich ebenfalls mit der rätselhaften Gigi verstrickt. Der Film folgt dem angespannten Zusammentreffen dieser drei Charaktere, die jeweils ihre eigenen Ziele verfolgen, während sie sich emotional in einem komplexen und verworrenen Dreieck verfangen. Während Hathaway sich an Bord des Mutterschiffs Valiant für seine Mission wappnet, muss er sich nicht nur mit den Verteidigungsanlagen der Föderation auseinandersetzen, sondern auch mit seinem eigenen psychischen Verfall.

Die Erzählung gipfelt in der Luftschlacht über Adelaide, in der Hathaway den stromlinienförmigen und leistungsstarken RX-105 Xi Gundam steuert. Die Föderation setzt ihre eigenen fortschrittlichen Mobile Suits ein, darunter ein überraschender Auftritt einer Serienversion des legendären Nu Gundam, der bei Hathaway einen schweren psychischen Zusammenbruch auslöst, während er das Gespenst von Amuro Ray halluziniert. Diese Konfrontation bestätigt ausdrücklich, dass der Film eine Fortsetzung der Kinofassung von Mobile Suit Gundam: Char's Counterattack ist, und geht direkt auf die spezifische Natur von Hathaways Schuld ein. Der Film erkundet Themen wie generationenübergreifendes Trauma, die zyklische Natur politischer Gewalt und die schmerzhafte Kluft zwischen revolutionären Idealen und menschlicher Fehlbarkeit, alles vor dem Hintergrund intensiver, groß angelegter Mobile-Suit-Kämpfe.