"Mobile Suit Gundam UC RE:0096" ist eine TV-Serie, die auf dem OVA "Mobile Suit Gundam Unicorn" basiert und die Ereignisse des Universal Century-Zeitalters weiterführt. Die Handlung spielt im Jahr UC 0096, drei Jahre nach dem Ende des Zweiten Neo-Zeon-Kriegs. Der Konflikt zwischen der Erde und den Raumkolonien bleibt ungelöst, und die Spannungen zwischen der Earth Federation und den verbliebenen Neo-Zeon-Kräften sind weiterhin hoch.

Im Zentrum der Geschichte steht Banagher Links, ein junger Schüler, der in der Kolonie Industrial 7 lebt. Sein Leben ändert sich schlagartig, als er auf Audrey Burne trifft, ein Mädchen, das sich später als Mineva Lao Zabi, die Erbin des ehemaligen Prinzipats von Zeon, entpuppt. Audrey sucht nach "Laplace's Box", einem mysteriösen Artefakt, das die Machtverhältnisse im Universum verändern könnte. Die Earth Federation und die Reste von Neo-Zeon sind ebenfalls auf der Suche nach dieser Box, da sie angeblich die wahre Geschichte der Gründung der Earth Federation und ein Geheimnis enthält, das die Legitimität ihrer Herrschaft in Frage stellen könnte.

Banagher wird unwillentlich in den Konflikt hineingezogen, als er den RX-0 Unicorn Gundam, einen hochmodernen mobilen Suit, aktiviert. Der Unicorn Gundam ist mit einem speziellen System ausgestattet, das als "NT-D" bekannt ist und es ermöglicht, die Box zu finden. Im Laufe der Serie kämpft Banagher nicht nur gegen die äußeren Bedrohungen durch die Earth Federation und Neo-Zeon, sondern auch mit den moralischen Dilemmata, die der Krieg mit sich bringt. Er wird von Charakteren wie Captain Otto Mitas, dem Kommandanten der Raumschiffes Nahel Argama, und dem mysteriösen Full Frontal, dem Anführer der Neo-Zeon-Rebellen, begleitet.

Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, militärischen Manövern und den persönlichen Konflikten der Charaktere. Die Suche nach "Laplace's Box" führt zu zahlreichen Schlachten im Weltraum und auf Planetenoberflächen, wobei die Serie die Auswirkungen des Krieges auf die Zivilbevölkerung und die Soldaten gleichermaßen thematisiert. Die Charaktere müssen sich mit Fragen von Identität, Loyalität und der Natur des menschlichen Fortschritts auseinandersetzen, während sie versuchen, die Zukunft des Universums zu gestalten.

"Mobile Suit Gundam UC RE:0096" bietet eine komplexe Erzählung, die die reiche Geschichte des Universal Century-Zeitalters weiter vertieft und gleichzeitig neue Charaktere und Konflikte einführt. Die Serie verbindet actionreiche Kampfszenen mit einer tiefgründigen Auseinandersetzung mit den moralischen und politischen Implikationen des Krieges.