"Mobile Suit Gundam Thunderbolt" spielt im Universal Century-Zeitalter und konzentriert sich auf den Konflikt zwischen der Erde und den Raumkolonien, insbesondere während des One Year War. Die Handlung spielt in der "Thunderbolt Sector", einem gefährlichen Gebiet im Weltraum, das von Trümmern und elektrischen Entladungen geprägt ist. Die Erde wird von der Earth Federation kontrolliert, während die Raumkolonien von der Principality of Zeon dominiert werden. Beide Seiten kämpfen um die Vorherrschaft in diesem strategisch wichtigen Gebiet.

Die Geschichte folgt zwei Hauptfiguren: Io Fleming, ein talentierter Pilot der Earth Federation, und Daryl Lorenz, ein erfahrener Scharfschütze von Zeon. Io ist ein charismatischer, aber ungestümer Pilot, der den Prototyp des RX-78AL Atlas Gundam steuert. Daryl hingegen ist ein ruhiger und entschlossener Soldat, der den MS-06R Zaku II High Mobility Type mit speziellen Anpassungen für den Einsatz in der Thunderbolt Sector nutzt. Beide Charaktere sind durch ihre Fähigkeiten und ihren Kampfgeist geprägt, aber auch durch ihre persönlichen Verluste und Traumata, die sie während des Krieges erlitten haben.

Die Handlung zeigt die brutale Realität des Krieges, wobei beide Seiten hohe Verluste erleiden. Die Kämpfe in der Thunderbolt Sector sind intensiv und technologisch fortschrittlich, wobei mobile Suits und innovative Waffensysteme im Mittelpunkt stehen. Die Earth Federation versucht, die Kontrolle über den Sektor zu erlangen, während Zeon alles daran setzt, ihre Position zu halten. Die Charaktere werden durch ihre gegenseitige Rivalität und den zunehmenden Druck des Krieges immer weiter an ihre Grenzen getrieben.

Neben den militärischen Auseinandersetzungen werden auch die menschlichen Aspekte des Konflikts beleuchtet. Io und Daryl repräsentieren die unterschiedlichen Perspektiven und Motivationen der beiden Kriegsparteien. Ihre persönlichen Geschichten und die Auswirkungen des Krieges auf ihr Leben tragen zur emotionalen Tiefe der Handlung bei. Die Serie thematisiert Themen wie Verlust, Pflicht und die moralischen Dilemmata des Krieges, ohne dabei eine Seite eindeutig zu glorifizieren oder zu verurteilen.

"Mobile Suit Gundam Thunderbolt" zeichnet sich durch eine dichte und packende Erzählung aus, die sowohl actionreiche Szenen als auch nachdenkliche Momente bietet. Die Charakterentwicklung und die Darstellung des Krieges sind zentrale Elemente, die die Serie zu einem bedeutenden Werk im Gundam-Universum machen.