"Freezing" spielt in einer Zukunft, in der die Erde von außerirdischen Kreaturen, den sogenannten Nova, bedroht wird. Um dieser Bedrohung entgegenzutreten, wurde eine militärische Organisation namens Genetics gegründet, die Pandoras und Limiters ausbildet. Pandoras sind genetisch modifizierte Mädchen, die über übermenschliche Kräfte verfügen und in der Lage sind, die Nova zu bekämpfen. Limiters sind ihre männlichen Partner, die spezielle Fähigkeiten besitzen, um die Pandoras im Kampf zu unterstützen, indem sie ihre Kräfte verstärken oder die Gegner schwächen.

Die Handlung dreht sich um Kazuya Aoi, einen jungen Limiter, der an der West Genetics Academy ankommt, um seine Ausbildung zu beginnen. Kazuya ist der Bruder der berühmten Pandora Satellizer el Bridget, die als eine der stärksten Kämpferinnen gilt, aber aufgrund ihrer abweisenden und einsamen Art den Spitznamen "Untouchable Queen" trägt. Kazuya beschließt, Satellizer als seine Partnerin zu wählen, obwohl sie zunächst ablehnend reagiert. Im Laufe der Serie entwickelt sich eine komplexe Beziehung zwischen den beiden, während sie gemeinsam gegen die Nova und andere Herausforderungen kämpfen.

Die Serie thematisiert nicht nur die Kämpfe gegen die Nova, sondern auch die sozialen Dynamiken und Konflikte innerhalb der Akademie. Pandoras und Limiters müssen sich mit Rivalitäten, Machtkämpfen und den psychologischen Belastungen auseinandersetzen, die mit ihrer Rolle als Kämpfer verbunden sind. Darüber hinaus wird die Beziehung zwischen Kazuya und Satellizer durch deren Vergangenheit und die Geheimnisse, die sie umgeben, weiter vertieft.

Neben Kazuya und Satellizer gibt es eine Reihe weiterer wichtiger Charaktere, darunter Rana Linchen, eine Pandora, die sich in Kazuya verliebt und eine Rivalin für Satellizer wird, sowie Charles Bonaparte und Arnett McMillan, zwei weitere Pandoras, die eine enge Freundschaft mit Satellizer aufbauen. Die Serie kombiniert Action, Drama und Science-Fiction-Elemente, während sie die emotionalen und zwischenmenschlichen Beziehungen der Charaktere in den Vordergrund stellt.