Zehn Jahre nach dem Tod von Light Yagami glaubt die Welt, die Herrschaft von Kira sei vorbei. Doch Japan bleibt von der Macht des Death Notes heimgesucht. Die Polizeibehörde von Tokio unterhält eine verkleinerte Death Note-Einsatzgruppe, doch sie ist zu einem Relikt vergangener Zeiten geworden, dem es an Ressourcen und Respekt mangelt. Dies ist der Hintergrund für eine dreiteilige Miniserie, die die Lücke zwischen den Originalfilmen und dem Film Death Note: Light Up the New World aus dem Jahr 2016 schließt. Jede Episode dient als Prequel und erkundet die Ursprünge der drei Hauptfiguren, die einem neuen Kira-Ausbruch gegenüberstehen werden.

Die Geschichte entfaltet sich in drei miteinander verbundenen Kapiteln. Das erste Kapitel stellt Tsukuru Mishima vor, einen brillanten, aber besessenen Ermittler, der oft als Death Note-Otaku bezeichnet wird. Von der ursprünglichen Einsatzgruppe rekrutiert, ist Mishima ein Schüler des Kira-Falls, der sich auf die kleinsten Details von Light Yagamis Methoden fixiert, einschließlich der Marke der Kartoffelchips, die seine Verbündeten aßen. Als ein ehemaliger Krimineller an einem Herzinfarkt stirbt, untersucht Mishima und deckt einen Nachahmungstäter auf, der Gift verwendet. Doch die Erleichterung ist nur von kurzer Dauer. Während er den Betrug aufdeckt, taucht ein echter übernatürlicher Killer auf, und ein Mann, von dem angenommen wird, er sei ein Nachahmer, stirbt plötzlich an einem Herzinfarkt, während er die Wiederauferstehung Kiras verkündet. Dieses Ereignis löst eine neue Welle von Massenherzinfarkten unter Kriminellen aus, beweist, dass ein echtes Death Note wieder im Spiel ist, und zwingt Mishima, die Jagd auf einen neuen Gott der neuen Welt anzuführen.

Das zweite Kapitel verlagert den Fokus auf Ryuzaki, den ursprünglichen Nachfolger des legendären Detektivs L. Ein berühmter internationaler Spürhund, der von Hongkong bis Europa unlösbare Fälle gelöst hat, hat Ryuzaki wiederholt abgelehnt, sich mit irgendeiner Death Note-Untersuchung zu befassen, um ein Versprechen zu ehren, das er L gegeben hat. Schließlich wird er durch eine Bitte von J, einer Frau mit Verbindung zu Wammy's House, in den Fall hineingezogen, um einen bizarren Mord in einem verschlossenen Raum zu lösen. Während er ermittelt, deckt Ryuzaki die Existenz zweier Death Note-Benutzer auf: einen Cyberterroristen und eine mysteriöse Frau. Gezwungen, der Realität ins Auge zu sehen, dass das Death Note zurückgekehrt ist, bricht Ryuzaki sein Schweigen, enthüllt eine Rückblende auf sein Versprechen an L und tritt in die Rolle ein, die sein Vorgänger einst innehatte, um der neuen Kira-Bedrohung entgegenzutreten.

Das letzte Kapitel erkundet die tragische Vergangenheit von Yuki Shien, dem einzigen Überlebenden eines brutalen Massakers, bei dem seine gesamte Familie ermordet wurde. Traumatisiert und auf der Suche nach einem Sinn wird er zu einem Cyberterroristen, der in Kriegsgebieten operiert und seinen Zorn auf die Welt projiziert. Er findet spirituelle Erlösung im Vermächtnis des ursprünglichen Kira, dessen Urteil ihn nach seiner Überzeugung von seinem Trauma befreit hat. Shien wird zu einem radikalen Kira-Anhänger. Sein Glaube wird belohnt, als der Shinigami Ryuk erscheint und ein Death Note für ihn fallen lässt. Überglücklich beginnt Shien seine eigene Säuberung, nutzt seine Hackerfähigkeiten, um einen anderen Death Note-Besitzer zu finden, Sakura Aoi. Als er sowohl auf Mishima als auch auf Ryuzaki trifft, nimmt Shien seine Rolle als neuer Apostel des Urteils an und bereitet die Bühne für die unvermeidliche Konfrontation zwischen denen, die das Notizbuch für Gerechtigkeit, für Vermächtnis und für Fanatismus nutzen würden.