In einem nahegelegenen Zukunftsjapan startet die Regierung das ARK-Projekt, ein wissenschaftliches Unterfangen unter der Leitung des brillanten Roboteringenieurs Dr. Nobuhiko Kohmyoji, um Androiden zu erschaffen, die der Öffentlichkeit dienen und das tägliche Leben verbessern sollen. Dr. Kohmyoji entwickelt zwei fortschrittliche Prototypen. Seine Schöpfung ist Jiro, ein experimenteller Android, ausgestattet mit einer revolutionären Gewissensschaltung, die menschliche Emotionen und moralische Urteilsfähigkeit simulieren soll. Der andere ist Mari, ein kampforientierter Android, gebaut von Dr. Kohmyojis Rivalen, Professor Gilbert Kanzaki.

Das Projekt nimmt eine dunkle Wendung, als Dr. Kohmyoji unter mysteriösen Umständen stirbt. Kurz nach seinem Tod werden seine beiden Kinder, die misstrauische Mitsuko und der junge Masaru, zu Zielen des japanischen Verteidigungsministers, der die Forschung des verstorbenen Doktors an sich bringen will. Jiro, einer letzten Anweisung seines Schöpfers folgend, greift ein und schwört, die Kinder zu beschützen. Auf der Flucht stellt sich heraus, dass ein Datenchip, der die Gesamtheit von Dr. Kohmyojis revolutionärer Forschung enthält, in Masarus Körper versteckt ist.

Die Situation eskaliert, als Mari Jiro und die Kohmyoji-Geschwister aufspürt. Nach einer Konfrontation erklären sich Mitsuko und Masaru einverstanden, widerstandslos mit ihr zu gehen, was zur Extraktion des Datenchips aus Masaru führt. Mit der Forschung in der Hand, wandelt der Verteidigungsminister das ARK-Projekt in das DARK-Projekt (Developing Advanced Research by Kohmyoji) um und zwingt Professor Kanzaki, die Arbeit zu vollenden. Jiro wird dann von einem mächtigen neuen Androiden namens Hakaider angegriffen. In einer schockierenden Enthüllung stellt sich heraus, dass Hakaider Professor Kanzaki selbst ist, der sein eigenes Gehirn chirurgisch in einen mächtigen Androidenkörper verpflanzt hat, um seine Ambitionen voranzutreiben.

In der klimatischen Schlacht verwüstet Hakaider die ARK-Projekteinrichtung. Als der Schurke versucht, alles zu zerstören, entscheidet sich Jiro, seiner Programmierung zu trotzen und seinen freien Willen voll auszuüben, um die Kohmyoji-Geschwister zu beschützen. Jiro liefert sich einen finalen, zerstörerischen Kampf mit Hakaider und schafft es, ihn zu besiegen, jedoch auf Kosten seines eigenen Androidenkörpers. In der Folge bleibt Mitsuko zurück, um den heldenhaften Androiden zu betrauern, und schwört, ihn eines Tages wieder aufzubauen. Eine Post-Credit-Szene enthüllt, dass der Verteidigungsminister die Zerstörung überlebt hat und zusammen mit Mari den offiziellen Start eines wahren, unheimlicheren Androidenprojekts bestätigt.