In der alternativen Geschichte der Edo-Zeit Japans sucht eine verheerende Seuche namens Rotpocken das Land heim, die ausschließlich junge Männer und Jungen tödlich trifft. Da die männliche Bevölkerung auf einen Bruchteil ihrer früheren Größe geschrumpft ist, wird die soziale Struktur des Landes auf den Kopf gestellt. Frauen werden zur primären Arbeitskraft, zu Haushaltsvorständen und politischen Führungspersönlichkeiten, während Männer als kostbare, geschützte Ressource behandelt werden, die vor allem wegen ihrer Fähigkeit, das Überleben der Familienblutlinien zu sichern, geschätzt wird. An der Spitze dieser neuen Gesellschaftsordnung wird die Rolle des Tokugawa-Shoguns, des militärischen Herrschers der Nation, stillschweigend von einer Frau geerbt.

Die Geschichte beginnt während der Herrschaft des dritten Shoguns, Tokugawa Iemitsu. Der Öffentlichkeit unbekannt, ist der echte Iemitsu, ein junger Mann, bereits an den Rotpocken gestorben. Um den Zusammenbruch der Tokugawa-Dynastie zu verhindern, organisiert seine mächtige und berechnende Amme, Kasuga no Tsubone, eine ausgeklügelte Täuschung. Sie bringt heimlich ein junges Mädchen, Chie, die uneheliche Tochter des verstorbenen Shoguns, in die Edo-Burg. Als Junge aufgezogen und darauf vorbereitet, ihren Vater zu verkörpern, wird Chie gezwungen, als die weibliche Shogun Iemitsu zu leben, ein Geheimnis, das nur wenigen in den inneren Gemächern der Burg, dem Ōoku, bekannt ist.

Als Teenager-Shogun ist Iemitsu verschlossen und emotional gezeichnet, da sie in ihrer Jugend von einem Wächter sexuell missbraucht wurde, ein Ereignis, das zu einer Totgeburt führte. Sie hält alle auf Distanz und regiert mit einer kalten und herrischen Art. Verzweifelt bemüht, einen Erben zu sichern, um die Täuschung fortzusetzen, sucht Kasuga no Tsubone nach einem geeigneten Gemahl. Ihr Ziel ist Arikoto, ein gutaussehender und tugendhafter Mönch von edler Kyoto-Abstammung, der in Edo angekommen ist. Mit Drohungen gegen seinen Orden zwingt Kasuga Arikoto, seine Gelübde aufzugeben und als persönlicher Begleiter und potenzieller Konkubine Iemitsus in den Ōoku einzutreten, begleitet von seinem hingebungsvollen jungen Schüler Gyokuei.

Arikoto sträubt sich zunächst gegen sein Schicksal, ist jedoch schockiert, zu entdecken, dass der Shogun eine Frau ist, die unter einer unerträglichen Last lebt. Während Iemitsu feindselig ist, beginnen Arikotos angeborene Güte und seine nicht wertende Art, ihre Abwehr zu durchbrechen. Anders als alle anderen, die sie entweder als Werkzeug des Staates oder als zu benutzendes Objekt sehen, bestätigt Arikoto ihren Wert als Frau, als Chie. Eine tiefe und verbotene Liebe blüht zwischen dem ehemaligen Mönch und der weiblichen Shogun auf und gibt Iemitsu die emotionale Stärke, ihre Rolle als Führungspersönlichkeit anzunehmen.

Ihre Liebe ist jedoch von politischer Notwendigkeit überschattet. Iemitsu muss einen Erben zeugen, aber es wird klar, dass Arikoto keine Kinder zeugen kann. Nach dem Tod der mächtigen Kasuga no Tsubone enthüllt Iemitsu ihren Herren die Wahrheit über ihr Geschlecht und erklärt sich zur ersten offen weiblichen Shogun. Um die Dynastie zu sichern, trifft sie die qualvolle Entscheidung, andere männliche Konkubinen, darunter den loyalen Gyokuei, zu nehmen, um Kinder zu gebären. Arikoto, der nicht ihr Ehemann im traditionellen Sinne sein kann, wird ihr vertrauenswürdigster Berater und der Leiter des Ōoku und widmet sein Leben der Unterstützung ihrer Herrschaft.

Die Erzählung folgt Iemitsus Weg von einer traumatisierten Schachfigur zu einer entschlossenen und geliebten Herrscherin, die die weibliche Thronfolge legitimiert, und Arikotos Wandlung von einem widerstrebenden Gefangenen zu einem Mann, der seinen Sinn darin findet, seine Zukunft für die Frau, die er liebt, zu opfern. Nach Iemitsus Tod im jungen Alter von siebenundzwanzig Jahren bleibt Arikoto im Ōoku, um ihre Nachfolger zu führen. Ihre Geschichte von Hingabe und Opferbereitschaft setzt den Präzedenzfall für die Zukunft des Shogunats und etabliert den Ōoku nicht nur als private Gemächer, sondern als formelle Institution schöner Männer, die der weiblichen Shogun dienen – eine Welt von dreitausend Männern, die über Generationen hinweg bestehen wird.