In einer fernen Zukunft steht eine falsche Utopie namens Jesus Town hinter imposanten Mauern. Erbaut auf dem Gelände des einstigen Jerusalem, wird die Stadt vom seraphimartigen Diktator Gurjev und seinem mächtigen Androiden-Enforcer Michael regiert. Sie bewahren einen brutalen, sterilen Frieden durch Angst, indem sie Dissidenten und alle Bürger, die es wagen, freien Willen auszuüben, lobotomieren. Außerhalb der Stadt kämpft eine kleine Gruppe lederbekleideter Rebellen ums Überleben und träumt davon, Gurjevs eiserne Herrschaft zu stürzen.

Ihre Hoffnung kommt in Form einer zerstörerischen Kraft, die sie möglicherweise nicht kontrollieren können. Eine Gruppe von Schatzsuchern bricht in ein verlassenes Hochsicherheitsgefängnis ein und entdeckt einen Mann in Ketten. Als sie ihn versehentlich wecken, offenbart er sich als der Android Hakaider, eine tödliche Kampfeinheit bekannt als der "Zerstörungsreiter". Er tötet schnell seine Retter und flieht auf seinem schwarzen Motorrad Guilty in Richtung Jesus Town. Hakaiders Gedächtnis ist fragmentiert, und er versteht seinen eigenen Zweck oder seine Vergangenheit nicht vollständig, obwohl angedeutet wird, dass er Michaels gescheiterter Vorgänger war, von Gurjev erschaffen aber verschrottet, nachdem er freien Willen entwickelt hatte.

Bei seiner Ankunft in Jesus Town durchbricht Hakaider eigenhändig die elektrische Barriere der Stadt und besiegt ein Team von Sicherheitsbeamten mit brutaler Effizienz. Seine Amokfahrt wird von einer Gruppe Rebellen beobachtet, darunter eine junge Frau namens Kaoru. Im Gegensatz zu ihren zynischen Kameraden ist Kaoru von Hakaider fasziniert und erkennt ihn aus wiederkehrenden Träumen, in denen ein Ritter in glänzender Rüstung kommt, um ihr Volk zu befreien. Als Hakaider vorübergehend bewusstlos geschlagen wird, schleppen die Rebellen ihn zurück zu ihrem Versteck.

In der Rebellenbasis kommt Kaoru dem stillen, gewalttätigen Androiden näher und entwickelt eine romantische Bindung zu ihm. Die Rebellen erklären ihren Plan, Gurjev zu stürzen, aber Hakaider bleibt misstrauisch gegenüber ihren egoistischen Motiven. Ihre fragile Allianz zerbricht, als Michael und Gurjevs Sicherheitskräfte sie aufspüren. Ein brutaler Schusswechsel bricht aus, und die meisten Rebellen werden getötet. Während Kaoru flieht, sieht sie entsetzt zu, wie die Soldaten Hakaider scheinbar mit einem Raketenwerfer zerstören. Verletzt und trauernd taumelt sie in die Straßen von Jesus Town und verurteilt öffentlich die Bürger für ihre feige Unterwerfung unter das Regime. Michael findet sie und fügt ihr eine tödliche Wunde zu. Ihr letzter Schmerzensschrei hallt durch die Stadt und reaktiviert Hakaider irgendwie.

Hakaider findet Kaoru an ihrem "geheimen Ort", der letzten Oase in der sterbenden Stadt. Sie gesteht ihm ihre Liebe und stirbt in seinen Armen, träumend von einer friedlichen Zukunft, die sie nie teilen werden. Ihr Glücksbringer als Andenken nehmend, reitet Hakaider zurück ins Herz von Jesus Town und nimmt nun vollständig seine Rolle als Motor der Zerstörung an.

Er stürmt das Regierungsgebäude und vernichtet die verbliebenen Sicherheitskräfte. Als er auf eine Gruppe von Bürgern trifft, die für eine Lobotomie vorgesehen sind, fragt er, ob sie freien Willen besitzen. Als sie mit Ja antworten, befreit er sie. Dann stellt er sich Michael in einem brutalen Endkampf. Michael argumentiert, dass erzwungene Ordnung Gerechtigkeit sei, worauf Hakaider antwortet, dass, wenn das Gerechtigkeit sei, er stolz böse sein werde. Hakaider schafft es, den Androiden zu enthaupten, dessen abgetrennter Kopf weiter "Ich bin Gerechtigkeit" murmelt, während er funkt und versagt.

Gurjev tut so, als würde er mit Hakaider verhandeln, und gewinnt Zeit, während Michaels Kopf in einen massiven Kampfpanzer integriert wird, der nach Kikaider, einem heldenhaften Androiden aus der Vergangenheit, modelliert ist. In dieser neuen, monströsen Form greift Michael erneut an. Hakaider zerstört ihn ein zweites Mal mit einer versteckten Waffe. Dann findet er Gurjev, der verzweifelt mit einem Revolver auf ihn schießt, ohne Wirkung. Da er entscheidet, dass der erbärmliche Diktator es nicht wert ist, getötet zu werden, wendet sich Hakaider zum Gehen. Gurjev versucht einen letzten, feigen Angriff von hinten, aber Hakaider sieht ihn kommen und tötet ihn in einer Explosion weißer Federn. Mit Gurjev tot und Jesus Town in Trümmern reitet der einsame Android auf seinem Motorrad in eine ungewisse Zukunft, weder Retter noch Schurke, sondern eine unaufhaltsame Kraft gewalttätigen freien Willens.