Nach dem Shimabara-Aufstand, bei dem Zehntausende von Bauern niedergemetzelt wurden, erhebt sich ihr Anführer Shiro Amakusa aus der Hölle. Getrieben von Rache für seine gefallenen Kameraden, strebt er danach, das Tokugawa-Shogunat zu stürzen. Um dies zu erreichen, wendet er eine verbotene dämonische Technik namens Makai Tensho an, die dämonische Seelenwanderung, die es ihm ermöglicht, die Geister der beeindruckendsten Krieger der Geschichte wiederzubeleben und an seinen Willen zu binden.

Die Geschichte spielt in der frühen Edo-Zeit Japans, einer Zeit relativen Friedens unter der Herrschaft der Tokugawa. Amakusa stellt eine untote Armee legendärer Schwertkämpfer zusammen, darunter den unvergleichlichen Miyamoto Musashi, den Speermeister Hozoin Inshun und den geschickten Araki Mataemon. Jeder wiederbelebte Krieger behält seine überragenden Kampffähigkeiten, dient nun jedoch Amakusas finsterem Zweck. Zu den Zurückgeholten gehören auch der hinterhältige Yagyu Munenori und der Herr Tokugawa Yorinobu, die zu Bauern in Amakusas Plan werden.

Dieser übernatürlichen Bedrohung stellt sich der einarmige Schwertkämpfer Yagyu Jubei Mitsuyoshi, eine legendäre Figur für sich. Jubei muss sich nicht nur den wiederbelebten Toten stellen, sondern auch der Möglichkeit, dass sein eigener Vater, Yagyu Munenori, korrumpiert wurde. Gemeinsam mit Verbündeten wie der christlichen Frau Clara Oshina kämpft Jubei darum, Amakusas Armee davon abzuhalten, das Land ins Chaos zu stürzen. Die Erzählung folgt Jubeis Reise, während er gegen jeden wiederbelebten Meister kämpft, was in einer finalen Konfrontation mit Amakusa selbst gipfelt. Themen wie Verrat, der Preis der Rache und der Kampf zwischen menschlichem Willen und dämonischem Einfluss treiben die Handlung voran.