"Shingeki no Bahamut GENESIS" spielt in einer fiktiven Welt, die von Göttern, Dämonen und Menschen bewohnt wird. Die Handlung beginnt mit der Erschaffung der mächtigen Kreatur Bahamut, die so zerstörerisch ist, dass Götter und Dämonen gezwungen waren, zusammenzuarbeiten, um sie zu versiegeln. Die Welt ist seitdem in einem fragilen Gleichgewicht, das durch die Existenz zweier Schlüssel, einen für die Götter und einen für die Dämonen, aufrechterhalten wird. Sollten diese Schlüssel vereint werden, könnte Bahamut erneut freigesetzt werden.

Die Geschichte konzentriert sich auf Favaro Leone, einen selbstsüchtigen und abenteuerlustigen Kopfgeldjäger, der in der Welt herumstreift. Sein Leben ändert sich schlagartig, als er auf Kaisar Lidfard trifft, einen ehemaligen Freund, der nun ein Ritter ist und Rache an Favaro sucht, weil er glaubt, dieser sei für den Tod seines Vaters verantwortlich. Während ihrer Verfolgungsjagd begegnen sie Amira, einer mysteriösen Frau, die von Dämonen verfolgt wird. Amira entpuppt sich als Halbgöttin, die im Besitz eines der Schlüssel zu Bahamuts Siegel ist. Sie bittet Favaro, sie nach Helheim zu bringen, dem Land der Götter, und verspricht ihm im Gegenzug einen Wunsch.

Auf ihrer Reise werden Favaro, Kaisar und Amira in eine weitreichende Verschwörung verwickelt, die das Schicksal der Welt bedroht. Sie treffen auf eine Vielzahl von Charakteren, darunter Rita, eine junge Hexe, und Azazel, einen mächtigen Dämonen, der eigene Pläne verfolgt. Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus Intrigen, Kämpfen und moralischen Dilemmata, während die Charaktere mit ihren eigenen Motivationen und Hintergründen konfrontiert werden.

Amiras wahre Natur und ihre Verbindung zu Bahamut werden im Laufe der Serie enthüllt, was zu dramatischen Wendungen führt. Die Handlung gipfelt in einem epischen Konflikt, bei dem die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen und die Charaktere gezwungen sind, schwierige Entscheidungen zu treffen, um die Welt vor der endgültigen Zerstörung zu bewahren. "Shingeki no Bahamut GENESIS" verbindet actionreiche Szenen mit tiefgründigen Charakterentwicklungen und einer reichhaltigen Mythologie, die die Zuschauer in eine faszinierende Fantasy-Welt eintauchen lässt.