"Comet Lucifer" spielt in einer fiktiven Welt namens Gift, die von einer kristallinen Landschaft geprägt ist. Die Handlung dreht sich um den jungen Protagonisten Sōgo Amagi, der in der Stadt Garden Indigo lebt und ein begeisterter Sammler von Kristallen ist. Eines Tages stößt Sōgo in einer Höhle auf ein mysteriöses Mädchen namens Felia, das aus einem Kristall geboren wurde. Felia besitzt übernatürliche Kräfte und zieht schnell die Aufmerksamkeit verschiedener mächtiger Organisationen auf sich, darunter die Regierung und eine Gruppe von Rebellen.

Die Regierung, vertreten durch die Organisation Ender, versucht, Felia zu kontrollieren, da sie glaubt, dass ihre Kräfte der Schlüssel zur Erschließung der verborgenen Ressourcen des Planeten sind. Gleichzeitig gibt es eine Widerstandsgruppe, die sich gegen die Unterdrückung durch die Regierung wehrt und ebenfalls Interesse an Felia zeigt. Sōgo, der sich schnell mit Felia anfreundet, beschließt, sie zu beschützen und begibt sich auf eine Reise, um die Geheimnisse ihrer Existenz und die wahren Absichten der verschiedenen Fraktionen zu enthüllen.

Im Verlauf der Serie wird deutlich, dass Felia eine Verbindung zu den legendären "Giganten" hat, riesigen mechanischen Wesen, die in der Vergangenheit eine zentrale Rolle in der Geschichte des Planeten spielten. Diese Giganten sind nicht nur mächtige Waffen, sondern auch Schlüssel zu einem größeren Geheimnis, das die Zukunft von Gift und seiner Bewohner bestimmen könnte. Sōgo und seine Freunde, darunter der Mechaniker Roman Valoff und die kämpferische Kaon, müssen sich gegen die Bedrohungen von Ender und anderen Feinden stellen, während sie versuchen, die Wahrheit über Felia und die Giganten zu entschlüsseln.

Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus politischen Intrigen, persönlichen Konflikten und mythologischen Elementen, wobei die Charaktere immer wieder vor moralische Dilemmata gestellt werden. Die Beziehung zwischen Sōgo und Felia steht dabei im Mittelpunkt, während die Serie Fragen nach Macht, Verantwortung und dem Schicksal der Menschheit aufwirft.