In "Myriad Colors Phantom World" spielt die Handlung in einer nahen Zukunft, in der die Menschheit durch ein wissenschaftliches Experiment die Existenz von Phantomen entdeckt hat. Diese übernatürlichen Wesen, die aus menschlichen Emotionen und Erinnerungen entstehen, sind für normale Menschen unsichtbar, können aber von bestimmten Personen wahrgenommen und bekämpft werden. Die Geschichte konzentriert sich auf die Schüler der Hosea Academy, einer Schule, die junge Menschen mit besonderen Fähigkeiten ausbildet, um Phantome zu bekämpfen und die Welt vor ihren Bedrohungen zu schützen.

Der Protagonist Haruhiko Ichijou besitzt die Fähigkeit, Phantome durch Zeichnungen zu beschwören und zu kontrollieren. Zusammen mit seinen Klassenkameraden bildet er ein Team, das sich auf die Bekämpfung von Phantomen spezialisiert hat. Zu seinen Teamkollegen gehören Mai Kawakami, eine erfahrene Kämpferin, die Phantome mit ihren energetischen Angriffen besiegen kann, und Reina Izumi, die die Fähigkeit besitzt, Phantome zu verschlingen und ihre Energie zu absorbieren. Eine weitere wichtige Figur ist Koito Minase, ein mysteriöses Mädchen, das über eine einzigartige Verbindung zu Phantomen verfügt und deren wahre Natur im Laufe der Serie enthüllt wird.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Episoden, in denen das Team verschiedene Phantome bekämpft, die oft mit den persönlichen Geschichten und Emotionen der Charaktere verknüpft sind. Dabei werden Themen wie Freundschaft, Verlust und die menschliche Natur erforscht. Im Hintergrund gibt es eine größere Bedrohung, die mit dem Ursprung der Phantome und dem wissenschaftlichen Experiment, das ihre Existenz ermöglicht hat, verbunden ist. Die Charaktere müssen sich nicht nur mit den Phantomen auseinandersetzen, sondern auch mit den moralischen und emotionalen Herausforderungen, die ihre Fähigkeiten und ihre Mission mit sich bringen.

Die Serie kombiniert Action, Comedy und emotionale Momente, während sie die Beziehungen zwischen den Charakteren und ihre individuellen Entwicklungen in den Vordergrund stellt. Die Welt der Phantome dient als Metapher für die inneren Konflikte und Ängste der Menschen, wodurch die Handlung sowohl unterhaltsam als auch thematisch tiefgründig wird.