"Ninja Kamui" ist eine Anime-Serie, die in einer modernen Welt angesiedelt ist, in der Ninja-Clans im Verborgenen operieren. Die Handlung dreht sich um Joe Higan, einen ehemaligen Ninja, der sich aus dem Clanleben zurückgezogen hat, um ein normales Leben mit seiner Familie zu führen. Nach Jahren der Ruhe wird seine Vergangenheit jedoch wieder aufgerührt, als sein Clan von einer mysteriösen Organisation angegriffen wird. Diese Organisation, bekannt als "Eden", verfolgt das Ziel, die verbliebenen Ninja-Clans auszulöschen und ihre Technologien und Techniken für ihre eigenen Zwecke zu nutzen.

Joe, der den Namen "Kamui" trägt, wird gezwungen, seine alten Fähigkeiten wieder einzusetzen, um seine Familie zu schützen und Rache an denen zu nehmen, die sein friedliches Leben zerstört haben. Dabei stößt er auf eine Reihe von Gegnern, darunter hochmoderne Cyborg-Ninjas, die mit fortschrittlicher Technologie ausgestattet sind. Im Laufe der Serie enthüllt sich, dass "Eden" nicht nur eine Bedrohung für die Ninja-Clans darstellt, sondern auch eine größere Verschwörung im Hintergrund existiert, die die Weltordnung bedroht.

Die Charaktere umfassen neben Joe Higan auch seine Frau Marie und seinen Sohn Kenji, die unwissentlich in den Konflikt hineingezogen werden. Weitere wichtige Figuren sind Mitglieder von "Eden", darunter deren Anführer, ein undurchsichtiger und mächtiger Mann, der über weitreichende Ressourcen und Einfluss verfügt. Joe trifft auch auf ehemalige Verbündete und Feinde aus seiner Zeit als Ninja, die entweder seine Mission unterstützen oder sich ihm in den Weg stellen.

Die Serie verbindet traditionelle Ninja-Elemente mit futuristischen Technologien, was zu einem einzigartigen Setting führt. Die Handlung ist geprägt von intensiven Kampfszenen, strategischen Manövern und emotionalen Konflikten, während Joe versucht, seine Vergangenheit mit seiner Gegenwart in Einklang zu bringen. Die Geschichte entwickelt sich zu einem komplexen Netz aus Rache, Loyalität und den moralischen Dilemmata, die mit der Nutzung von Macht und Technologie einhergehen.