"Fairy Gone" spielt in einer Welt, in der Feen, mystische Wesen, einst als Waffen in Kriegen eingesetzt wurden. Diese Feen wurden in den Körpern von Soldaten implantiert, wodurch diese übernatürliche Kräfte erhielten. Nach dem Ende des Krieges wurden die Feen freigelassen, und viele ehemalige Soldaten, die als "Fairy Soldiers" bekannt sind, versuchen, ein normales Leben zu führen. Die Handlung beginnt neun Jahre nach dem Krieg und konzentriert sich auf die Protagonistin Marlya Noel, eine junge Frau, die als Ermittlerin für die Organisation "Dorothea" arbeitet. Dorothea ist eine Regierungsbehörde, die sich mit den Auswirkungen der Feen und den ehemaligen Fairy Soldiers befasst.

Marlya hat eine persönliche Verbindung zu den Feen, da sie selbst eine ehemalige Fairy Soldier ist. Ihre Fee, ein Wolf namens Winter, spielt eine zentrale Rolle in ihrer Vergangenheit und ihren Fähigkeiten. Die Geschichte entfaltet sich, als Marlya auf eine Gruppe von Terroristen stößt, die als "Verlaine" bekannt sind. Diese Gruppe besteht aus ehemaligen Fairy Soldiers, die gegen die Regierung kämpfen und die Kontrolle über die Feen zurückgewinnen wollen. Verlaine wird von Free Underbar angeführt, einem charismatischen und rätselhaften Anführer, der eine persönliche Verbindung zu Marlyas Vergangenheit hat.

Im Laufe der Serie wird die komplexe Beziehung zwischen Marlya, Free und anderen Schlüsselcharakteren wie Veronica Thorn, einer ehemaligen Freundin von Marlya, die nun für Verlaine arbeitet, und Ray Dawn, einem weiteren Ermittler von Dorothea, erkundet. Die Handlung wirft Fragen nach Identität, Loyalität und den moralischen Konsequenzen des Einsatzes von Feen als Waffen auf. Dabei werden sowohl politische Intrigen als auch persönliche Konflikte thematisiert.

Die Welt von "Fairy Gone" ist geprägt von einer düsteren Atmosphäre, in der die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen. Die Serie kombiniert Action, Fantasy und politische Elemente, während sie die Auswirkungen von Krieg und Macht auf Individuen und Gesellschaft untersucht. Die Charaktere sind vielschichtig, und ihre Motivationen werden im Verlauf der Handlung tiefergehend beleuchtet. Die Feen selbst dienen nicht nur als Werkzeuge der Macht, sondern auch als Symbole für die Verbindung zwischen Mensch und Natur sowie für die ungelösten Konflikte der Vergangenheit.