"Psycho-Pass 3" setzt die Handlung in einer dystopischen Zukunft fort, in der das Sybil-System die Gesellschaft kontrolliert. Dieses System bewertet den psychischen Zustand der Bürger und bestimmt ihre Eignung für die Gesellschaft. Die Handlung spielt einige Jahre nach den Ereignissen der zweiten Staffel und führt neue Hauptfiguren ein: die Inspektoren Kei Mikhail Ignatov und Arata Shindo. Beide arbeiten für das Public Safety Bureau und untersuchen Fälle, die mit dem Sybil-System zusammenhängen.

Kei Ignatov, ein ehemaliger Soldat, und Arata Shindo, ein brillanter Ermittler mit einer ungewöhnlichen Methode, der sogenannten "Mental Trace"-Technik, bilden ein ungewöhnliches Team. Ihre Zusammenarbeit wird durch ihre unterschiedlichen Hintergründe und Persönlichkeiten geprägt. Während Kei eher pragmatisch und diszipliniert ist, zeigt Arata eine intuitive und oft unkonventionelle Herangehensweise an die Ermittlungen.

Die Handlung konzentriert sich auf eine Reihe von komplexen Fällen, die das Sybil-System und seine Autorität in Frage stellen. Ein zentraler Konflikt dreht sich um die Organisation "Bifrost", ein geheimes Netzwerk, das versucht, das Sybil-System zu manipulieren und zu kontrollieren. Die Ermittlungen führen Kei und Arata in die Unterwelt von Tokio, wo sie auf kriminelle Organisationen, korrupte Beamte und gefährliche Individuen stoßen, die das System ausnutzen.

Im Laufe der Staffel werden die persönlichen Hintergründe der beiden Protagonisten beleuchtet. Kei kämpft mit den Folgen seiner militärischen Vergangenheit und der Sorge um seine Familie, während Arata eine mysteriöse Verbindung zu einem früheren Fall hat, der seine Fähigkeiten und Motive in Frage stellt. Ihre Beziehung entwickelt sich von anfänglicher Skepsis zu einer tiefen gegenseitigen Abhängigkeit, während sie gemeinsam gegen die Bedrohungen durch Bifrost und das Sybil-System kämpfen.

Die Handlung ist geprägt von moralischen Dilemmata, politischen Intrigen und der Frage, ob das Sybil-System wirklich das Beste für die Gesellschaft ist. Die Staffel endet mit offenen Fragen und einem Cliffhanger, der auf eine Fortsetzung hindeutet. "Psycho-Pass 3" bietet eine dichte, vielschichtige Erzählung, die die ethischen und sozialen Implikationen einer von Technologie kontrollierten Gesellschaft weiter erforscht.