Die OVA "Ys II" basiert auf dem gleichnamigen Action-Rollenspiel der Ys-Reihe und setzt die Geschichte aus dem ersten Teil fort. Adol Christin, der junge Abenteurer, setzt seine Reise fort, nachdem er im ersten Teil das Geheimnis der sechs Bücher von Ys gelöst hat. Er begibt sich nach Esteria, wo er auf eine mysteriöse junge Frau namens Lilia trifft, die von dunklen Kreaturen verfolgt wird. Adol beschließt, sie zu beschützen und erfährt, dass sie eine Verbindung zu den legendären Flügeln von Ys hat, die den Schlüssel zur Rettung der Welt darstellen.

Die Handlung führt Adol und Lilia nach Ys, eine schwebende Insel, die von den Göttinnen Reah und Feena beschützt wird. Dort treffen sie auf die Bewohner des Landes, die von einem bösen Priester namens Dalles bedroht werden. Dalles plant, die Macht der Göttinnen zu missbrauchen, um die Welt zu zerstören. Adol stellt sich ihm entgegen und kämpft gegen seine dunklen Kräfte, während er gleichzeitig versucht, die wahre Geschichte von Ys und die Rolle der Göttinnen zu verstehen.

Im Laufe der Geschichte wird Adol von verschiedenen Charakteren unterstützt, darunter der Krieger Dogi, der ihm bereits aus dem ersten Teil bekannt ist, sowie weitere Verbündete, die ihm helfen, die Geheimnisse von Ys zu lüften. Die Handlung ist geprägt von epischen Kämpfen, mystischen Elementen und der fortwährenden Suche nach Wahrheit und Gerechtigkeit. Adol muss nicht nur seine physischen Fähigkeiten unter Beweis stellen, sondern auch moralische Entscheidungen treffen, die das Schicksal von Ys und der gesamten Welt beeinflussen.

Die OVA bleibt eng an der Vorlage des Spiels und präsentiert eine komprimierte Version der Ereignisse, die sich auf die zentralen Konflikte und Charaktere konzentriert. Die Geschichte endet mit einem dramatischen Finale, in dem Adol die wahre Natur der Göttinnen und die Bedeutung der Flügel von Ys enthüllt, während er sich dem ultimativen Kampf gegen Dalles stellt.