"Knight of the Iron Dragon" (OVA) spielt in einer futuristischen Welt, in der die Menschheit durch eine mysteriöse Bedrohung, bekannt als die "Drachen", an den Rand der Auslöschung gebracht wurde. Die Handlung konzentriert sich auf eine Gruppe von Piloten, die spezielle mechanische Rüstungen, sogenannte "Iron Knights", steuern, um gegen die Drachen zu kämpfen. Diese Rüstungen sind mit fortschrittlicher Technologie ausgestattet und stellen die letzte Hoffnung der Menschheit dar.

Die Hauptfigur ist ein junger Pilot namens Hiro, der sich als einer der wenigen herausstellt, der die Iron Knights effektiv nutzen kann. Hiro wird in eine Einheit berufen, die an vorderster Front gegen die Drachen kämpft. Zusammen mit seinen Teamkollegen, darunter die erfahrene Kommandantin Lena und der technisch begabte Ingenieur Ryu, durchlebt Hiro intensive Schlachten und persönliche Konflikte. Die Gruppe muss nicht nur die physische Bedrohung durch die Drachen bewältigen, sondern auch mit internen Spannungen und moralischen Dilemmata umgehen.

Im Verlauf der Geschichte wird enthüllt, dass die Drachen möglicherweise nicht die wahre Bedrohung sind, sondern ein Produkt menschlicher Experimente, die außer Kontrolle geraten sind. Diese Enthüllung führt zu einer tiefgreifenden Krise innerhalb der menschlichen Gesellschaft und zwingt die Charaktere, ihre Loyalitäten und Überzeugungen zu hinterfragen. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das Raum für Interpretationen lässt und die Zuschauer mit Fragen über die Zukunft der Menschheit und die Natur der Drachen zurücklässt.