Ein Jahrzehnt nach dem verheerenden Ninja-Krieg, in dem sich die verfeindeten Iga- und Koga-Clans in einem brutalen Wettstreit um die Nachfolge des Tokugawa-Shogunats gegenseitig auslöschten, haben sich die wenigen Überlebenden in einem versteckten Dorf niedergelassen. In der relativ friedlichen Kan'ei-Ära ist die einst erbitterte Rivalität der Clans offiziell beendet, doch eine unruhige Spannung bleibt bestehen. Um ihre Blutlinien zu bewahren und ihre Zukunft zu sichern, arrangieren die Ältesten eine formelle Verbindung zwischen den beiden jungen Clanführern: Koga Hachiro, dem Oberhaupt der Fünf Schätze von Koga, und Iga Hibiki, der Anführerin der Fünf Blüten von Iga. Sowohl Hachiro als auch Hibiki haben von ihren Eltern mächtige Augentechniken geerbt – Hachiro beherrscht eine Speer-Augen-Technik, die durchdringen und zerstören kann, während Hibiki eine Schild-Augen-Technik beherrscht, die blockiert und neutralisiert. Es wird angenommen, dass, wenn die beiden sich vereinen, eine unbekannte und immense Macht namens Ouka, oder die Kirschblüte, erwachen wird. Sie trainieren fleißig für diesen Zweck, doch ihre scheinbar vorbestimmte Verbindung wird durch eine verborgene Wahrheit erschwert: Hachiro und Hibiki sind nicht nur verlobt; sie sind Zwillingsgeschwister, geboren aus demselben Blut.

Ihr fragiler Frieden wird zerschmettert, als eine mysteriöse und unmenschliche Gruppe namens Jojinshu, angeführt von einer Gestalt namens Jonin, das versteckte Dorf angreift. Die Jojinshu suchen die Macht von Ouka für ihre eigenen Zwecke. Hibiki wird gefangen genommen, ihr Körper auseinandergerissen und dann durch Jonins Gedankenkontroll-Zauberei in eine Puppe verwandelt. Hachiro entkommt knapp mit Hilfe seiner Kameraden. Sechs Jahre später, nachdem er die Ninja-Truppen aufgelöst, aber sein Training fortgesetzt hat, wird Hachiro von Vertretern des Tokugawa-Shogunats angesprochen, darunter der Mönch Tenkai und der Schwertkämpfer Yagyu, die die Hilfe der Koga und Iga suchen, um die Jojinshu zu beseitigen und die Autorität des Shogunats wiederherzustellen. Hachiro versammelt acht überlebende Ninja aus beiden Clans und begibt sich auf eine Mission, um die mobile Festung der Jojinshu, die Hororensha, zu infiltrieren, Jonins Leutnants zu besiegen, Hibikis verstreute Gliedmaßen zurückzuholen und sie zu retten.

Die Erzählung entfaltet sich über mehrere große Handlungsbögen. Zuerst kommt der anfängliche Angriff und die Niederlage, bei dem die Jojinshu das Dorf überwältigen und Hibiki genommen wird. Darauf folgt eine sechsjährige Phase der Neuformierung und des Trainings. Der zentrale Handlungsbogen ist die Infiltration der Hororensha, bei der Hachiro und seine Verbündeten durch die fünf Ebenen der Festung kämpfen, die jeweils von einem mächtigen Jojinshu-Leutnant mit einzigartigen übernatürlichen Fähigkeiten bewacht werden, wie einem Beschwörer dämonischer Bestien, einem Krieger mit Zukunftssicht und einem vierarmigen Wächter. Während dieser Reise wird das tiefste Geheimnis von Hachiros und Hibikis Herkunft durch eine geliehene Augentechnik und Illusionsmagie enthüllt. In den letzten Momenten des ursprünglichen Ninja-Krieges wünschten sich die sterbenden Liebenden Koga Gennosuke und Iga Oboro eine friedliche Zukunft und dass ihre Liebe Früchte tragen möge. Dieser Wunsch aktivierte die Macht von Ouka, verzerrte die Realität und erschuf eine Welt, in der Gennosuke und Oboro Kinder hatten – Hachiro und Hibiki. Sie sind somit Anomalien, Wesen, die im normalen Lauf der Geschichte nicht existieren sollten, geboren aus einem einzigen verzweifelten Wunsch. Hachiro beschließt, den Willen seiner Eltern zu ehren und diesen fragilen Frieden zu schützen. Nachdem er alle Teile von Hibiki zurückgeholt hat, wird sie wiederbelebt, und gemeinsam stellen sie sich Jonin in einem letzten Kampf um das Schicksal der Ninja-Clans und die Macht von Ouka.