Der Realfilm Red Shadow: Akakage spielt im Japan des 16. Jahrhunderts während der turbulenten Sengoku-Zeit. Die Geschichte folgt einem Trio junger Ninja, bekannt als der Schatten-Clan, die dem mächtigen Kriegsherrn Togo Hidenobu dienen. Der ursprüngliche Zweck des Clans, der über Generationen weitergegeben wurde, ist es, im Geheimen zu arbeiten, um eine friedliche Welt des Lichts herbeizuführen. Die drei verbliebenen Nachfolger sind Akakage, der geschickte Schwertkämpfer und Protagonist; sein bester Freund Aokage, der eher zu Tollpatschigkeit und Komik neigt; und Asuka, eine fähige Ninja, die eine tiefe, unausgesprochene romantische Verbindung zu beiden jungen Männern teilt.

Das Trio wird vom alten Shirokage, dem Weißen Schatten und ihrem Anführer, ausgebildet. Zu Beginn der Erzählung gerät der Glaube der jungen Ninja an ihre Mission ins Wanken. Sie beginnen, eine Diskrepanz zwischen den idealistischen Lehren ihres Clans und den pragmatischen, oft rücksichtslosen Befehlen zu spüren, die sie von Lord Togo erhalten. Die Handlung nimmt eine scharfe und unerwartete Wendung, als Asuka während eines Einsatzes getötet wird. Ihr Tod erschüttert beide jungen Männer zutiefst; Aokage wird verzweifelt und gibt sein Leben als Ninja auf, während ein desillusionierter Akakage ebenfalls seinen Weg in Frage stellt.

Auf sich allein gestellt, erhält Akakage den Befehl, Prinzessin Koto, die Herrscherin eines rivalisierenden Fürstentums, zu ermorden. Als er jedoch entdeckt, dass die Prinzessin von einem verräterischen Kämmerer ins Visier genommen wird, der ihre Burg an sich reißen und das Land in einen Bürgerkrieg stürzen will, missachtet Akakage seine Befehle. Anstatt sie zu töten, beschließt er, sie zu beschützen und gegen die Truppen des Kämmerers zu kämpfen. Die zweite Hälfte des Films folgt diesem Auftrag, bei dem Akakage, unterstützt durch die plötzliche Rückkehr von Aokage und Shirokage, Prinzessin Koto hilft, ihre Burg zurückzuerobern, den Usurpator zu besiegen und einen größeren Krieg abzuwenden. Es entwickelt sich eine stille Romanze zwischen dem Ninja und der Prinzessin, doch ihre unterschiedlichen gesellschaftlichen Stellungen bedeuten, dass sie nie verwirklicht werden kann. Nach Abschluss ihrer Mission verschwinden Akakage und seine Gefährten, und der Film endet damit, dass sie an Asukas Grab ihre Ehre erweisen.

Im Gegensatz zum ursprünglichen Quellmaterial aus den 1960er Jahren, in dem die Helden mit Hightech-Gadgets gegen Riesemonster (Daikaiju) kämpften, ist diese Realfilm-Adaption von 2001 eine freie Neuverfilmung, die die Charaktere und die Geschichte von Grund auf neu interpretiert. Es ist eine stilistische Hommage an und eine verspielte Dekonstruktion der Ninja- und Samurai-Genres, die Action, modernen Humor, anachronistische Elemente und eine plötzliche tragische Wendung vereint, die den heiteren Ton der ersten Hälfte grundlegend verändert.