Im dritten Teil der Fernsehserie Sukeban Deka verlässt die Handlung ihre früheren Wurzeln als urbanes Kriminaldrama und wendet sich einer übernatürlichen Fantasy-Erzählung zu. Die Protagonistin ist Yui Kazama, eine lebhafte junge Frau vom Land in Kyushu, die von einer mysteriösen Figur namens Dark Director angeworben wird, um als dritte Agentin den Codenamen Saki Asamiya zu tragen. Anstelle des traditionellen Yo-Yos ihrer Vorgängerinnen wird Yui in den Künsten einer Kunoichi, einer weiblichen Ninja, ausgebildet, und ihre Hauptwaffe wird ein leistungsstarkes, hochtechnologisches Yo-Yo, das für diese neue Art mystischen Kampfes geeignet ist. Ihre Mission ist es, nach Tokio zu reisen und sich einem gefährlichen übernatürlichen Terroristen namens Emperor zu stellen, der eine einzigartige und jenseitige Bedrohung für die Gesellschaft darstellt.

Bei ihrer Ankunft in Tokio wird Yui mit ihren lange verlorenen Schwestern Yuka und Yuma wiedervereint, und die drei bilden ein Trio delinquenter Ninja-Krieger, das gegen die Streitkräfte des Emperor kämpft. Auf ihrer Quest werden sie von einer älteren, weisen Mentorfigur namens Yoda und einer Leibwächterin namens Leia unterstützt, deren Namen und Rollen klare stilistische Hommagen an Figuren aus Star Wars sind. Die Serie wechselt von den realistischen, düsteren Schauplätzen früherer Teile zu einer fantastischeren Landschaft voller psychischer Kräfte und geheimer Ninja-Clans. Die Handlung nimmt eine dramatische Wendung, als sich herausstellt, dass der Emperor tatsächlich der eigene Vater der Schwestern ist, ein Mann mit immensen psychischen Kräften, der dem Bösen verfallen ist. Darüber hinaus entdeckt Yui, dass sie eine Zwillingsschwester hat, die von ihrem Vater einer Gehirnwäsche unterzogen wurde, um als seine treue Agentin zu dienen, was die Geschwister zu einer tragischen Konfrontation mit ihrer eigenen Familie zwingt. Die Serie lief über 42 Episoden und hatte, anders als ihr populärerer Vorgänger, Schwierigkeiten, ihr Publikum zu halten, was zu ihrem Abschluss nach dieser einzigen, in sich geschlossenen Handlung führte.