Eine 16-jährige namens Yoko Godai taucht aus einer Kindheit auf, die sie hinter eisernen Masken eingesperrt verbrachte, ihre Vergangenheit ist in Geheimnisse gehüllt. Ein Polizeibeamter namens Nishiwaki, ein ehemaliger Kollege des Handlers der ursprünglichen Sukeban Deka, befreit sie und bietet ihr die Chance, ihre Freiheit zu verdienen, indem sie dem verdeckten Sukeban-Deka-Programm beitritt. Im Austausch für seine Hilfe, ihren vermissten Vater zu finden, nimmt Yoko an, übernimmt den Namen und die Identität der für tot gehaltenen ursprünglichen Saki Asamiya und führt ein modifiziertes Stahl-Yo-Yo als ihre charakteristische Waffe.

Anders als ihre Vorgängerin, die weitgehend allein arbeitete, wird diese neue Saki Asamiya von zwei loyalen Sidekicks begleitet. Yukino Yajima ist eine kultivierte Erbin aus Kyoto und eine Kampfkunstexpertin, während Kyoko Nakamura, mit dem Spitznamen Marble Okyo, eine straßenschlaue Kämpferin aus Osaka ist, die Murmeln als Wurfgeschosse einsetzt. Zusammen bekämpft dieses Trio eine Vielzahl von kriminellen Organisationen und korrupten Autoritätspersonen, die Japans Highschools infiltrieren.

Der zentrale Handlungsbogen der Serie dreht sich um ein mächtiges Syndikat namens Seiroukai und seinen rätselhaften Anführer, bekannt als Soto, ein Mann, der mit Yokos Vergangenheit verbunden ist. Soto, der nach Anpassungen an seinem Herzschrittmacher aus den USA zurückkehrt, plant, das Seiroukai zu nutzen, um Japan zu übernehmen. In einer Schlüsselkonfrontation infiltriert Saki das Seiroukai, indem sie die Identität eines Kandidatenmitglieds namens Ijuin Kaname stiehlt. Ihre Tarnung wird schließlich aufgedeckt, was zu einer angespannten Konfrontation mit Soto in einem unterirdischen Gang führt. Während ihres Kampfes erkennen beide, dass sie dieselbe Melodie auf ihren Spieldosen spielen, was auf eine tiefe, ungelöste persönliche Verbindung zwischen ihnen hindeutet, während Saki verzweifelt seine Identität und seine Absichten ihr gegenüber wissen will. Dieses wiederkehrende Rätsel um Sotos wahre Natur und seine Verbindung zu Yokos Kindheit bildet den emotionalen und dramatischen Kern der Staffel.

Während ihrer 42 Episoden bewahrte die Serie die charakteristische Mischung aus Jugendkriminalität, Action und Polizeiverfahrensdrama des Franchises und übertraf dabei die erste Staffel an Popularität. Die Produktion war für die Hauptdarstellerin Yoko Minamino körperlich anstrengend, die sich mit anstrengenden Drehplänen konfrontiert sah und oft mit Kunstblut und Kleber vom Filmen noch am Körper zur Schule ging. Die ikonische eiserne Maske der Figur, die in frühen Szenen getragen wurde, war ein besonderer Punkt der Abneigung für die Schauspielerin. Die Serie endet mit der Auflösung des Seiroukai-Bogens, bevor sie direkt in den Kinofilm Sukeban Deka The Movie von 1987 übergeht, der eine 18-jährige Yoko Godai zeigt, die aus ihrem ruhigen Leben, in dem sie für College-Prüfungen lernt, gerissen wird, um einer neuen Bedrohung gegenüberzustehen.