„Ecchi na no wa Watashi no Sei ja Arimasen“ begleitet den Alltag eines Oberschulmädchens, das eine einzigartige und problematische Konstitution besitzt, die dazu führt, dass es ein spezielles Pheromon absondert. Obwohl sie völlig unschuldig ist und sich der Wirkung, die sie hat, nicht bewusst ist, löst dieses Pheromon unbeabsichtigt intensive und übertriebene Ecchi-Situationen mit den Menschen in ihrer Umgebung aus, hauptsächlich mit ihren männlichen Mitschülern und Lehrern. Anstatt als Opfer dieser Unfälle angesehen zu werden, wird sie ständig dafür beschuldigt, sie provoziert zu haben, was zum Kernkonflikt der Geschichte führt.

Die Hauptprotagonistin ist ein gutherziges, aber unglückliches Mädchen, das einfach ein normales Schulleben führen möchte, aber häufig gezwungen ist, sich mit dem Satz zu verteidigen, der der Serie ihren Titel gibt, und darauf zu bestehen, dass es nicht ihre Schuld ist. Der männliche Hauptcharakter ist oft ein Freund oder Mitschüler, der ihr zunächst misstraut und glaubt, dass sie absichtlich Ärger verursacht, aber nach und nach die Wahrheit über ihren Zustand erfährt. Eine Nebenbesetzung von Schulautoritätspersonen, darunter eine strenge Schülerratspräsidentin und eine Disziplinarlehrerin, dient als primäre Opposition, die die Protagonistin wiederholt für Vorfälle bestraft, von denen sie glauben, dass sie sie inszeniert. Zu den Nebenfiguren gehört eine kleine Gruppe von Freunden, die sich ihrer Unschuld bewusst sind, aber oft in das Chaos verwickelt werden.

Der Schauplatz ist eine typische japanische Oberschule mit Standardorten wie dem Klassenzimmer, dem Schuldach, der Bibliothek und dem Abstellraum der Turnhalle, an denen sich viele der versehentlichen Vorfälle abspielen. Die Erzählung folgt hauptsächlich einem komödiantischen episodischen Format, in dem jedes Kapitel eine neue Katastrophe für die Protagonistin darstellt. Zu den wichtigsten wiederkehrenden Handlungsbögen gehören ein Einführungsbogen, der ihre Konstitution und das Disziplinarsystem der Schule etabliert, ein Sommerurlaubsbogen, in dem die beengte Umgebung eines Lerncamps oder Strandausflugs die versehentlichen Vorfälle eskalieren lässt, und ein Kulturfestbogen, in dem öffentliche Aufführungen und überfüllte Flure maximales Chaos für sie verursachen. Ein späterer Bogen beinhaltet oft eine Gruppe von Außenseiterschülern, die versuchen, ihre Kräfte zu ihrem eigenen Vorteil auszunutzen, was den männlichen Hauptcharakter und ihre Freunde dazu zwingt, zusammenzuarbeiten, um sie zu beschützen.