Ein Jahrzehnt nach dem verheerenden Krieg zwischen den Iga- und Kouga-Ninja-Clans leben die beiden verfeindeten Blutlinien in einem versteckten Dorf unter einem fragilen Frieden zusammen. Die brutalen Nachfolgekämpfe der Keichō-Ära, die mit dem Tod der meisten Clanmitglieder und der tragischen Trennung der unglücklich verliebten Gennosuke und Oboro endeten, sind noch in Erinnerung. In der folgenden Kan'ei-Ära arrangieren die Clans eine Verbindung zwischen ihren jungen Erben – Hachirō Kouga und Hibiki Iga – in der Hoffnung, ihre Zukunft zu sichern und ihre schwindenden Grundlagen zu stärken. Beide Kinder haben von ihren Eltern mächtige Augentechniken geerbt: Hachirō die Augen seines Vaters, Hibiki die ihrer Mutter. Es wird angenommen, dass eine mysteriöse Kraft erwacht, wenn sie sich vereinen. Während Hachirō und Hibiki trainieren und einander näherkommen, zeigen politische Kräfte, die mit dem Tokugawa-Shogunat verbunden sind, insbesondere der unzufriedene Lord Tadanaga Tokugawa, erneut Interesse an den Clans. Widersprüchliche Berichte über die letzte Schlacht des vorherigen Krieges schüren neue Spannungen, und verborgene Verschwörungen drohen, die jungen Liebenden auseinanderzureißen, wie es bereits der vorherigen Generation widerfuhr. In einer Zeit, in der Ninjas als überflüssig erachtet werden, müssen die Clans politische Intrigen, alte Feindschaften und die Last eines tragischen Erbes bewältigen, um den Frieden und die Zukunft zu schützen, die Hachirō und Hibiki repräsentieren.