"Portus (Manga)" handelt von einer dystopischen Welt, in der die Menschheit durch eine mysteriöse Katastrophe an den Rand des Aussterbens gebracht wurde. Die Überlebenden leben in einer streng hierarchischen Gesellschaft, die von einer mächtigen Organisation namens "Portus" kontrolliert wird. Diese Organisation behauptet, die letzte Zuflucht der Menschheit zu sein, und hält die Bevölkerung durch strenge Regeln und Überwachung in Schach.

Die Handlung konzentriert sich auf den Protagonisten Kaito, einen jungen Mann, der in den unteren Schichten der Gesellschaft aufwächst. Kaito ist ein talentierter Mechaniker, der heimlich an verbotenen Technologien arbeitet. Sein Leben ändert sich schlagartig, als er auf ein mysteriöses Mädchen namens Lira trifft, das über übernatürliche Fähigkeiten verfügt und von Portus gejagt wird. Lira ist der Schlüssel zu einem alten Geheimnis, das die Machtstrukturen der Welt erschüttern könnte.

Gemeinsam fliehen Kaito und Lira vor den Verfolgern von Portus und schließen sich einer Gruppe von Rebellen an, die gegen die Unterdrückung kämpfen. Im Laufe der Geschichte enthüllt sich, dass Portus nicht nur die Gesellschaft kontrolliert, sondern auch Experimente an Menschen durchführt, um eine neue Rasse von Übermenschen zu erschaffen. Lira ist eines dieser Experimente, und ihre Existenz stellt eine Bedrohung für die Pläne von Portus dar.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Konflikten, in denen Kaito und seine Verbündeten gegen die übermächtige Organisation kämpfen. Dabei werden Themen wie Freiheit, Moral und die Natur der Menschheit untersucht. Die Charaktere müssen sich mit ihren eigenen Überzeugungen auseinandersetzen und Entscheidungen treffen, die weitreichende Konsequenzen haben.

Neben Kaito und Lira spielen weitere Schlüsselcharaktere eine wichtige Rolle, darunter der charismatische Rebellenführer Ren, die Wissenschaftlerin Dr. Aya, die heimlich gegen Portus arbeitet, und der rätselhafte Agent Zero, der im Auftrag von Portus handelt, aber zunehmend an seiner Loyalität zweifelt.

Die Geschichte ist geprägt von intensiven Action-Szenen, politischen Intrigen und emotionalen Momenten, die die Beziehungen zwischen den Charakteren vertiefen. Die Handlung bleibt bis zum Ende spannungsgeladen, mit unerwarteten Wendungen und Enthüllungen, die die Leser bis zur letzten Seite fesseln.