"Yume Nikki (Manga)" basiert auf dem gleichnamigen Indie-Spiel und erzählt die Geschichte von Madotsuki, einem Mädchen, das sich freiwillig in ihrem Zimmer einschließt und die Außenwelt meidet. Die Handlung spielt sich hauptsächlich in ihren Träumen ab, die sie durch Schlafen betritt. Diese Traumwelt ist surreal, oft beunruhigend und voller rätselhafter Symbole und wiederkehrender Motive. Madotsuki erkundet diese Welt, sammelt sogenannte "Effekte", die ihr Fähigkeiten verleihen, und trifft auf seltsame, oft stumme Wesen, die manchmal bedrohlich wirken.

Die Traumwelt besteht aus verschiedenen, miteinander verbundenen Gebieten, die jeweils einzigartige Atmosphären und Themen aufweisen. Orte wie die Neonstadt, ein Wald voller Augen oder ein labyrinthartiger Raum mit endlosen Türen schaffen eine unheimliche und faszinierende Umgebung. Die Handlung ist weitgehend nicht-linear, und die Bedeutung der Ereignisse bleibt oft vage, was Raum für Interpretationen lässt. Es gibt keine klare Zielvorgabe, außer die Traumwelt zu erkunden und möglicherweise deren Geheimnisse zu entschlüsseln.

Madotsuki selbst ist eine stille Protagonistin, die kaum Emotionen zeigt und deren Hintergrundgeschichte nur in Andeutungen erkennbar ist. Ihre Isolation und die düstere Atmosphäre der Traumwelt deuten auf tieferliegende psychologische Themen hin, die jedoch nie explizit erklärt werden. Neben Madotsuki gibt es keine weiteren Hauptcharaktere, aber die Traumwelt ist bevölkert von seltsamen Kreaturen und geisterhaften Figuren, die oft rätselhaft und unberechenbar agieren.

Der Manga hält sich eng an die Atmosphäre und die offene Erzählstruktur des Originalspiels, wobei er die surrealen und oft beunruhigenden Elemente der Traumwelt visuell umsetzt. Die Handlung bleibt fragmentarisch und lässt viel Raum für Spekulation, was die Interpretation der Ereignisse und die Bedeutung der Traumwelt betrifft.