Die OVA "Space Battleship Yamato Pilot Film" dient als Vorläufer zur bekannten "Space Battleship Yamato"-Serie und bietet einen Einblick in die Grundlagen der Handlung und Charaktere. Die Geschichte spielt in einer fernen Zukunft, in der die Erde von einer außerirdischen Spezies, den Gamilas, angegriffen wird. Durch ihre Angriffe wird die Erde radioaktiv verseucht, was das Überleben der Menschheit bedroht. Die einzige Hoffnung liegt in einer mysteriösen Botschaft von einem Planeten namens Iscandar, der eine Technologie zur Rettung der Erde verspricht.

Die Handlung konzentriert sich auf die Besatzung des Raumschiffs Yamato, das aus einem umgebauten Schlachtschiff des Zweiten Weltkriegs besteht. Unter der Führung von Captain Jūzō Okita wird die Yamato auf eine gefährliche Mission geschickt, um die Technologie von Iscandar zu holen. Die Reise ist geprägt von zahlreichen Herausforderungen, darunter Angriffe der Gamilas und die Notwendigkeit, innerhalb eines strengen Zeitlimits zu handeln, bevor die Erde vollständig unbewohnbar wird.

Zu den Hauptfiguren gehören Susumu Kodai, ein junger Offizier, der sich mit der Verantwortung der Mission auseinandersetzen muss, und Yuki Mori, eine Pilotin und Schlüsselmitglied der Besatzung. Die Dynamik zwischen den Charakteren wird durch ihre persönlichen Konflikte und ihren gemeinsamen Kampf um das Überleben der Menschheit geprägt. Die Handlung legt den Grundstein für die späteren Entwicklungen der Serie, indem sie die Bedrohung durch die Gamilas, die Dringlichkeit der Mission und die moralischen Dilemmata der Charaktere einführt.

Die OVA bietet eine komprimierte Version der zentralen Themen der Serie, darunter Opferbereitschaft, Hoffnung und die Überwindung von Widrigkeiten. Sie dient als Einführung in das Universum von "Space Battleship Yamato" und präsentiert die grundlegenden Elemente, die später in der Serie weiter ausgebaut werden.