In einer Welt, in der die Träume, die Menschen nachts haben, die Macht besitzen, die Realität zu formen, setzt eine geheime Organisation namens CODE spezielle Agenten ein, um einer wachsenden Bedrohung entgegenzutreten. Diese Agenten haben die Aufgabe, in die Traumlandschaft einzudringen, um Nightmares zu neutralisieren – monströse Wesen, die aus unterbewussten Ängsten und Begierden geboren werden und in die Wachwelt eindringen können, um Katastrophen zu verursachen. Die effektivste Waffe der Organisation in diesem verborgenen Krieg ist der Zeztz Driver, ein um die Brust geschnallter Gürtel, der es einem Agenten ermöglicht, sich in Kamen Rider Zeztz zu verwandeln.

Die zentrale Figur dieses Konflikts ist ein junger Mann namens Baku. Als Agent von CODE trägt er die Bezeichnung Code Number: Seven und kämpft als Kamen Rider Zeztz. Seine Missionen führen ihn auf eine surreale Reise durch die Träume verschiedener Personen, wobei jeder Traum ein einzigartiges und oft bizarreres Szenario darstellt. Er muss die Träumenden schützen, die Nightmares, die sie heimsuchen, bekämpfen und verhindern, dass diese psychischen Störungen reale Katastrophen auslösen, wie etwa biologische Waffen, die in einem Restaurant versteckt sind, oder einen gigantischen Meteoriten, der sich der Erde nähert. In diesen Träumen ist Baku oft nicht er selbst, sondern übernimmt Rollen, die zur Erzählung des Traums passen, wie etwa die eines Oberschülers, eines Angestellten in einem Raumfahrtzentrum oder eines Dorfbewohners in einem RPG-ähnlichen Abenteuer.

Baku arbeitet nicht allein. Er wird von seinen Mitagenten und Freunden unterstützt, darunter Fujimi, Nasuka und Minami, eine weitere Agentin, die zu einer Schlüsselfigur in seinem Leben wird. Ihre Heimatbasis, das CODE-Hauptquartier, wird von rätselhaften Vorgesetzten wie Zero und Three geleitet. Doch die Organisation hat eine rücksichtslose Seite, und Baku beginnt, seine Rolle als Agent in Frage zu stellen, als er von einem Verräter in ihren Reihen erfährt. Dieser Verräter ist Nox, ein ehemaliger CODE-Agent, der nun als abtrünniger Rider operiert und seinen eigenen Transformationsgürtel besitzt. Nox ist ein kaltherziger und mächtiger Gegner, der eine persönliche Vergangenheit mit Baku zu haben scheint, die gelöschte Erinnerungen und eine frühere Begegnung umfasst, als Baku als Kind eine Nachhilfeschule besuchte, in der Nox der Lehrer war.

Während Baku tiefer in seine Missionen eintaucht, deckt er eine größere Verschwörung auf. Er erfährt von Nem, einem geheimnisvollen Mädchen, dessen Unterbewusstsein möglicherweise die eigentliche Quelle ist, aus der alle Nightmares geboren werden. Seine Missionsparameter verschieben sich von einfacher Auslöschung zur Rettung von Nem, die entführt wurde. Dies bringt ihn in direkten und wiederholten Konflikt mit Nox, der eigene Pläne für das Mädchen hat. Die Kämpfe zwischen den beiden Riders eskalieren und zwingen Baku, der Wahrheit über seine eigene Vergangenheit, der wahren Natur von CODE und dem Grund, warum seine Erinnerungen manipuliert wurden, ins Auge zu sehen. In einem verzweifelten Kampf schaltet Baku neue Formen frei, wie etwa Zeztz Catastrom, um der Macht seines Gegners gewachsen zu sein.

Letztendlich wird der Konflikt zutiefst persönlich. Die Grenze zwischen Traumwelt und Realität verschwimmt, als Baku entdeckt, dass seine eigenen Erfahrungen manipuliert worden sein könnten, wobei seine Beziehungen und sein Familiensinn in Frage gestellt werden. Die Serie folgt seiner Reise, während er sich durch die harten Direktiven von CODE, seine Rivalität mit Nox und sein Bestreben, Nem zu retten, navigiert. Sie steuert auf eine letzte Konfrontation zu, in der Baku den endlosen Albtraum zerschlagen und das Schicksal beider Welten entscheiden muss, was in der Entstehung eines neuen Seriennachfolgers, Kamen Rider MY-TH, gipfelt, der das Erbe mit einem Thema rund um Mythen, Erzählungen und urbane Legenden fortsetzen wird.