"Glass Fleet" spielt in einer fernen Zukunft, in der die Menschheit in einem von feudalen Strukturen geprägten Universum lebt. Die Geschichte beginnt in einer Zeit, in der das Volk unter der Unterdrückung durch den Adel leidet. Der Adel, angeführt vom tyrannischen Kaiser Pedro, kontrolliert die Gesellschaft durch Macht und Gewalt. In dieser Welt steht Vetti Sforza, ein charismatischer und rätselhafter Mann, der behauptet, ein Nachkomme der königlichen Familie zu sein, im Mittelpunkt. Vetti führt eine Gruppe von Rebellen an, die gegen die Unterdrückung kämpfen und eine gerechtere Gesellschaft anstreben.

Vettis Weg kreuzt sich mit dem von Cleo, einer starken und entschlossenen Frau, die als Kapitänin des legendären Raumschiffs "Glass Fleet" bekannt ist. Cleo ist eine fähige Anführerin, die sich für die Freiheit des Volkes einsetzt. Obwohl sie zunächst skeptisch gegenüber Vettis Absichten ist, schließen sich die beiden schließlich zusammen, um gegen den gemeinsamen Feind, den Kaiser Pedro, zu kämpfen. Ihre Allianz wird jedoch durch unterschiedliche Ideologien und persönliche Ambitionen auf die Probe gestellt.

Die Handlung entwickelt sich durch politische Intrigen, militärische Strategien und persönliche Konflikte. Vetti und Cleo müssen nicht nur gegen die übermächtigen Streitkräfte des Kaisers kämpfen, sondern auch mit internen Spannungen innerhalb ihrer eigenen Reihen umgehen. Dabei werden Themen wie Macht, Gerechtigkeit und die Natur der Führung untersucht. Die Charaktere sind vielschichtig, und ihre Beziehungen zueinander sind von Misstrauen, Respekt und gelegentlicher Bewunderung geprägt.

Neben Vetti und Cleo spielen weitere Schlüsselcharaktere eine wichtige Rolle, darunter Michel Volban de Cagliostro, ein ehemaliger Adliger, der sich den Rebellen anschließt, und Ralph de Cagliostro, Michels Bruder, der loyal zum Kaiser steht. Diese Charaktere tragen zur Komplexität der Handlung bei, indem sie unterschiedliche Perspektiven auf die Konflikte und die moralischen Dilemmata der Geschichte einbringen.

Die Serie verbindet Elemente des Space-Opera-Genres mit politischen und sozialen Themen, wobei die Handlung sowohl auf persönlicher als auch auf epischer Ebene spielt. Die Dynamik zwischen den Charakteren und die sich entwickelnden Allianzen und Rivalitäten bilden das Rückgrat der Geschichte, während die größeren Konflikte um Macht und Freiheit den Rahmen für die Handlung schaffen.