Die vierte Staffel von *Bungo Stray Dogs* setzt die Handlung der vorherigen Staffeln fort und vertieft die Konflikte zwischen den verschiedenen Organisationen in Yokohama. Die Geschichte konzentriert sich auf die Auseinandersetzungen zwischen der bewaffneten Detektei, der Port Mafia und der mysteriösen Organisation "Die Decay of Angels". Diese Gruppe, angeführt von Fyodor Dostojewski, plant, die Welt in Chaos zu stürzen, indem sie die Fähigkeit eines Buches namens "Das Buch" nutzt, das Realität und Fiktion verschmelzen lässt.
Ein zentraler Handlungsstrang dreht sich um die Bemühungen der bewaffneten Detektei, die Pläne der Decay of Angels zu vereiteln. Dabei gerät die Organisation in eine prekäre Lage, als sie fälschlicherweise für terroristische Aktivitäten verantwortlich gemacht wird. Die Mitglieder der Detektei, darunter Atsushi Nakajima, Osamu Dazai und Ryunosuke Akutagawa, müssen nicht nur gegen ihre Feinde kämpfen, sondern auch gegen die öffentliche Wahrnehmung, die sie zu Verbrechern stempelt.
Parallel dazu wird die Vergangenheit einiger Charaktere weiter beleuchtet, insbesondere die von Dazai und seinem ehemaligen Partner Chuuya Nakahara aus der Port Mafia. Ihre komplexe Beziehung und gemeinsame Geschichte spielen eine wichtige Rolle, als sie gezwungen sind, erneut zusammenzuarbeiten, um die Bedrohung durch die Decay of Angels zu bekämpfen.
Die Staffel führt auch neue Charaktere ein, darunter Sigma, ein mysteriöses Wesen, das mit der Decay of Angels verbunden ist, aber seine eigenen Motive verfolgt. Seine Rolle wird im Laufe der Handlung immer bedeutender, da er versucht, seinen Platz in der Welt zu finden und gleichzeitig zwischen den Fronten zu navigieren.
Die Handlung ist geprägt von strategischen Manövern, psychologischen Spielen und intensiven Kämpfen, bei denen die Fähigkeiten der Charaktere im Mittelpunkt stehen. Die Staffel endet mit einem dramatischen Cliffhanger, der die Zuschauer auf die Fortsetzung der Ereignisse in einer möglichen fünften Staffel gespannt macht.