"Tribe Nine" spielt in einer futuristischen Version von Tokio, die in verschiedene Bezirke unterteilt ist, die jeweils von eigenen Stämmen kontrolliert werden. Diese Stämme nutzen ein gewalttätiges Sportspiel namens "Xtreme Baseball" (XBL), um ihre Territorien zu verteidigen und Konflikte auszutragen. Das Spiel kombiniert Elemente des traditionellen Baseballs mit futuristischen Waffen und Technologien, wodurch es zu einer gefährlichen und spektakulären Aktivität wird.

Die Handlung konzentriert sich auf Haru Shirogane, einen schüchternen und unsicheren Jugendlichen, der in Minato, einem der Bezirke Tokios, lebt. Haru wird von Taiga, einem charismatischen und selbstbewussten Anführer, in dessen Stamm aufgenommen. Taiga strebt danach, Minato zu einem besseren Ort zu machen, indem er die Kontrolle über den Bezirk zurückgewinnt und die Tyrannei der anderen Stämme beendet. Zusammen mit Shun Kamiya, einem talentierten XBL-Spieler, und anderen Mitgliedern ihres Stammes, treten sie gegen rivalisierende Gruppen an, um ihre Ziele zu erreichen.

Ein zentraler Antagonist ist Ojiro Otori, der Anführer des mächtigsten Stammes in Chiyoda. Ojiro ist skrupellos und nutzt seine Dominanz im XBL, um andere Bezirke zu unterdrücken und seine Macht auszubauen. Die Konflikte zwischen den Stämmen eskalieren, als Haru und seine Freunde versuchen, Ojiros Herrschaft herauszufordern und Gleichheit in Tokio wiederherzustellen.

Die Serie thematisiert Themen wie Teamarbeit, persönliches Wachstum und den Kampf gegen Unterdrückung. Haru entwickelt sich im Laufe der Geschichte von einem ängstlichen Jugendlichen zu einem entschlossenen Anführer, der bereit ist, für seine Freunde und seine Heimat zu kämpfen. Die Dynamik zwischen den Charakteren und ihre individuellen Hintergründe tragen zur Komplexität der Handlung bei, während die intensiven XBL-Matches für Spannung und Action sorgen.