"Yamato yo Towa ni: Rebel 3199" ist ein Anime-Film, der die epische Reise des Raumschiffs Yamato und seiner Besatzung in einer fernen Zukunft fortsetzt. Die Handlung spielt im Jahr 3199, als die Menschheit erneut von einer existenziellen Bedrohung heimgesucht wird. Eine mysteriöse, übermächtige Alien-Rasse, bekannt als die "Rebellen", greift die Erde an und zwingt die Überlebenden, erneut auf die Yamato zurückzugreifen, um die Zukunft der Menschheit zu sichern.

Die Besatzung der Yamato, angeführt von Captain Susumu Kodai, steht vor der Herausforderung, nicht nur die Erde zu retten, sondern auch die wahren Absichten der Rebellen zu entschlüsseln. Die Rebellen verfügen über fortschrittliche Technologie und scheinen unbesiegbar zu sein. Im Laufe der Mission enthüllt sich, dass die Rebellen möglicherweise nicht die eigentlichen Feinde sind, sondern Werkzeuge einer noch größeren Bedrohung, die das gesamte Universum gefährdet.

Wichtige Charaktere wie Yuki Mori, Shiro Sanada und Analyzer spielen entscheidende Rollen bei der Bewältigung der Krise. Yuki Mori, Kodais enge Vertraute, bringt ihre strategischen Fähigkeiten ein, während Sanada als Wissenschaftler versucht, die Technologie der Rebellen zu verstehen und zu nutzen. Analyzer, der künstliche Intelligenz des Schiffes, unterstützt die Besatzung mit präzisen Berechnungen und Analysen.

Die Handlung ist geprägt von intensiven Weltraumgefechten, politischen Intrigen und moralischen Dilemmata. Die Besatzung muss nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch interne Konflikte und Zweifel überwinden. Die Yamato wird erneut zum Symbol der Hoffnung und des Widerstands, während die Charaktere mit ihren persönlichen Ängsten und Verlusten konfrontiert werden.

Der Film verbindet actionreiche Sequenzen mit tiefgründigen Themen wie Loyalität, Opferbereitschaft und der Suche nach Frieden in einer von Konflikten geprägten Galaxie. Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Geflecht aus Allianzen, Verrat und unerwarteten Wendungen, das die Zuschauer bis zum Ende in Atem hält.