Misato Katsuragi dient in Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone als Einsatzleiterin bei NERV und hat den Rang eines Oberstleutnants. Sie ist für die Koordination taktischer Maßnahmen gegen die Engel verantwortlich, leitet die Evangelion-Einheiten im Kampf und verarbeitet zusammen mit der von ihrer Freundin Ritsuko Akagi geleiteten Wissenschaftsabteilung die Gefechtsdaten. Trotz ihrer hohen militärischen Position ist sie relativ neu nach Tokyo-3 versetzt worden und verläuft sich gelegentlich innerhalb der NERV-Zentrale.

Misato ist die einzige Überlebende der Katsuragi-Expedition, einer von ihrem Vater geleiteten wissenschaftlichen Mission, die die katastrophale Zweite Impact auslöste. Während der Katastrophe brachte ihr Vater sie in einer Rettungskapsel unter und rettete ihr so das Leben, während er selbst starb. Dieses traumatische Erlebnis hinterließ eine tiefe Narbe auf ihrer Brust und eine komplexe Mischung aus Groll und Dankbarkeit gegenüber ihrem Vater. Die Kreuzkette, die sie stets trägt, gab er ihr kurz vor seinem Tod.

Nach außen hin zeigt Misato zwei gegensätzliche Persönlichkeiten. Bei der Arbeit ist sie scharf, entschlossen und hat in angespannten Gefechtssituationen alles im Griff. Zu Hause ist sie unordentlich, trinkt reichlich Bier aus Dosen und lebt in einer chaotischen Wohnung. Dieses unbekümmerte und manchmal unreife Verhalten verbirgt ein tief verletztes Inneres. Sie vermeidet emotionale Nähe und pflegt oberflächliche Beziehungen als Abwehrmechanismus – eine Eigenschaft, die als so leichtes Leben beschrieben wird, dass sie kaum menschliche Berührung zulässt.

Ihre Hauptmotivation zu Beginn der Geschichte ist der Wunsch nach Rache an den Engeln, die sie für den Tod ihres Vaters und die Zerstörung der Welt, wie sie war, verantwortlich macht. Dieser Antrieb veranlasst sie manchmal zu aggressiven taktischen Risiken, wie der Planung der Operation Yashima, bei der das gesamte japanische Stromnetz genutzt wird, um den Engel Ramiel zu zerstören.

Misato übernimmt eine fürsorgliche Rolle für die jungen Eva-Piloten. Sie lädt Shinji Ikari ein, in ihrer Wohnung zu leben, nachdem er Unit 01 gesteuert hat, da sie sein angespanntes Verhältnis zu seinem Vater Gendo kennt. Später nimmt sie auch Asuka Langley Soryu bei sich auf und behandelt sie mütterlich, trotz Asukas feindseliger Haltung. Ihre Beziehung zu Shinji ist besonders vielschichtig; sie versucht, eine unterstützende Figur zu sein, während sie mit ihren eigenen ungelösten Problemen kämpft.

Ihre romantische Vergangenheit umfasst Ryoji Kaji, einen NERV-Offizier, den sie im College kennenlernte. Sie beendete ihre Beziehung mit der Behauptung, sie liebe einen anderen, gab aber später zu, dass sie Angst hatte, weil Kaji sie an ihren Vater erinnerte. Selbst nachdem sie ihre Beziehung wieder aufgenommen hat, kämpft sie mit der Angst vor Intimität und Gefühlen der Unwürdigkeit.

Misato besitzt ein starkes taktisches Geschick, schnelles Denken unter Beschuss und ist im Umgang mit Schusswaffen bewandert, insbesondere mit einer Heckler & Koch USP-Pistole. Sie ist auch eine begeisterte Autofahrerin und besitzt einen modifizierten Sportwagen, der ihre Liebe zur Geschwindigkeit widerspiegelt.

In Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone besteht Misatos Rolle darin, Shinji in die Welt von NERV einzuführen, die Dynamik zwischen ihren beruflichen Pflichten und ihrem persönlichen Chaos zu etablieren und die Grundlage für die emotionalen und strategischen Konflikte zu legen, die sich entfalten werden. Ihre Figur verkörpert die Themen Trauma, Vermeidung und den Kampf, sich mit anderen zu verbinden, während sie eine immense Last von Schuld und Verlust trägt.