"School of Darkness" (OVA) erzählt die Geschichte einer Gruppe von Schülern, die an einer scheinbar gewöhnlichen Schule eingeschrieben sind. Die Handlung entfaltet sich, als die Protagonisten entdecken, dass ihre Schule ein geheimes Netzwerk von dunklen Machenschaften verbirgt. Die Schüler werden unerwartet in eine Welt gezogen, in der übernatürliche Kräfte, mysteriöse Rituale und gefährliche Geheimnisse eine zentrale Rolle spielen.

Die Hauptfigur, ein ruhiger und zurückhaltender Schüler, stolpert zufällig über Hinweise auf die wahre Natur der Schule. Zusammen mit einer kleinen Gruppe von Mitschülern, darunter eine entschlossene Klassenkameradin und ein technisch versierter Freund, beginnt er, die mysteriösen Vorkommnisse zu untersuchen. Dabei stoßen sie auf eine verborgene Organisation, die die Schule kontrolliert und deren Ziele weit über das hinausgehen, was sie sich vorstellen konnten.

Im Laufe der Handlung wird deutlich, dass die Schule als Front für Experimente mit übernatürlichen Kräften dient. Die Schüler geraten in einen gefährlichen Konflikt mit den Anführern dieser Organisation, die über mächtige Fähigkeiten verfügen und bereit sind, alles zu tun, um ihre Pläne zu schützen. Die Protagonisten müssen nicht nur ihre eigenen Ängste überwinden, sondern auch lernen, als Team zusammenzuarbeiten, um die Bedrohung zu bekämpfen.

Die OVA kombiniert Elemente des Mystery-Genres mit übernatürlichen und actionreichen Szenen. Die Charaktere entwickeln sich im Laufe der Geschichte, wobei ihre Beziehungen und Konflikte eine wichtige Rolle spielen. Die Handlung bleibt bis zum Ende spannungsgeladen, mit unerwarteten Wendungen und einem Finale, das Fragen offenlässt und Raum für Interpretationen bietet.