Die renommierte Hakuo-Akademie, einst berühmt für ihre Kampfkunststärke, steht aufgrund der hinterhältigen Taktiken ihres Rivalen Seishikan kurz vor dem Zusammenbruch. Durch Drohungen und Nötigung hat Seishikan systematisch die besten Schüler von Hakuo abgeworben, was die Zukunft der Akademie in Frage stellt. In einer Verzweiflungstat schickt die kommissarische Schulleiterin Himeko Hojo eine junge Frau namens Ranko Yagyu auf eine geheime Mission, um den legendären Fuma-Ninja-Clan zum Schutz zu suchen. Der Fuma-Clan erklärt sich bereit zu helfen und entsendet seinen gefürchtetsten Krieger, einen jungen Mann namens Kojiro, um das Blatt zu wenden.

Kojiro trifft an der Hakuo-Akademie ein, entdeckt aber schnell, dass die Bedrohung weit über einfache Schulhof-Einschüchterung hinausgeht. Im Schatten von Seishikan operiert der finstere Yasha-Clan, eine rivalisierende Ninja-Gruppe unter der Führung des mächtigen Musashi Asuka und seiner Schwester Erina. Was als Konflikt um die Ehre einer Schule begann, entfacht einen erbitterten Krieg zwischen den Fuma- und Yasha-Clans neu, eine Rivalität, die fünf Jahrhunderte lang geruht hat. Als die Kämpfe eskalieren, wird Kojiro von seinen Fuma-Clansbrüdern unterstützt, darunter der strategische Ryoma, der schnelle Schwertkämpfer Kirikaze und der mächtige Ryuho, unter anderen.

Der Konflikt übersteigt bald den ursprünglichen Streit und zieht beide Clans in einen legendären Kampf, bekannt als der Krieg der Heiligen Schwerter. Diese uralte Prophezeiung dreht sich um die Zehn Heiligen Schwerter, mythische Klingen, von denen gesagt wird, dass sie ihrem Träger die Macht verleihen, die ganze Welt zu beherrschen, wenn sie vereint sind. Kojiro und der Fuma-Clan sehen sich in einem verzweifelten Wettlauf gegen die Yasha gefangen, um diese legendären Waffen zu sichern, und kämpfen in einer Reihe von Duellen gegen die Elite-Acht-Generäle der Yasha. Die Einsätze werden noch höher, als sich innerhalb der Fuma-Reihen eine Rebellion zusammenbraut, was Kojiro zwingt, Feinde an zwei Fronten zu bekämpfen und die wahre Natur seiner Pflicht und Ehre in Frage zu stellen.